本发明属于生物医药技术领域，涉及一种靶向肠道总菌群16S rRNA基因的TaqMan探针，其序列如SEQ ID NO 1所示。本发明还提供了基于TaqMan探针的实时荧光PCR方法，用于肠道总菌群的快速绝对定量方法。该方法具有较高的特异性；标准曲线线性关系良好，决定系数R20.998；检测限为2.9×103copies/μL，灵敏度较高；重复性实验变异系数在1.32％以下，具有良好的可重复性。本发明的方法可用于不同年龄段的临床粪便标本检测，初步分析肠道菌群总量与增龄的关系，本方法可供临床推广，对于快速评估菌群健康程度以及菌群定量研究具有实际意义。
