本发明公开了一种基于特征算法控制合成的重组蛋白及其应用,属于蛋白质技术领域。所述的重组蛋白的编码基因的序列如SEQ ID NO:1所示;所述的重组蛋白是将金黄色葡萄球菌蛋白A一个或多个结构域中的一个或多个氨基酸替换成为耐碱性氨基酸的突变体。所述重组蛋白应用于亲和层析介质的制备,其方法如下:以含琼脂糖凝胶4B单体的微球为基质,经亲水性树枝状大分子修饰、活化、偶联重组蛋白配基并封尾后得到。基于本发明提供的重组金黄色葡萄球菌蛋白A,具有较好的化学稳定性、耐碱性以及更为优异的IgG结合能力,因此本发明提供的重组金黄色葡萄球菌蛋白A作为亲和配基制备亲和层析填料,应用于抗体的分离纯化。