本发明公开一种基于稀疏性因子分析的基因‑基因交互作用识别方法(Sparse Factor Analysis for Epistasis,EPISFA)，其中包含以下步骤。1)输入基因型原始数据，并根据基因之间的连锁不平衡系数进行筛选；2)数据随机分块3)将数据按患病状态分为患病和非患病人群，分别计算两组的相关系数矩阵，利用Fisher变换扣除两人群的相关系数矩阵基因位点相关性；4)使用稀疏性因子分析方法学习模型权重；5)交叉验证，选择模型参数并识别相应的基因‑基因交互作用。试验表明此方法的统计功效和计算效率均较高，具有良好应用前景。
