本发明涉及一种含tms5基因的水稻温敏两用核不育系育性转育起点温度调控基因SOT1及该基因的应用。构成本发明所涉及的温敏两用核不育系育性转育起点温度基因SOT1的多核苷酸具有序列表中SEQID No:1所示的碱基序列，该基因编码SOT1蛋白，该蛋白具有序列表中SEQ ID No:2所示的氨基酸序列。发明人通过甲基磺酸乙酯对株1S进行化学诱变，获得育性转育起点温度升高的突变体EZ024，并利用人工气候箱精确鉴定了突变体的育性转育起点温度。采用图位克隆的方法从突变体EZ024中分离和克隆了控制水稻温敏型两用核不育系育性转育起点温度的基因SOT1，遗传互补实验证明了SOT1参与了育性转育起点温度的调控。
本发明提供水稻抗褐飞虱基因BPH6共显性分子标记及其应用，所述分子标记为含有如SEQ ID NO.1所示的第188位的多态性为T/C的核苷酸序列，和/或，为含有如SEQ ID NO.1所示的第4438～4445位的多态性为5’‑CGAAACAC‑3’/5’‑TGCAGGGG‑3’的核苷酸序列。针对所述分子标记设计特异性扩增引物，利用PCR扩增进行BPH6基因型的检测。本发明提供的BPH6的分子标记及其扩增引物可用于鉴定水稻BPH6的基因型，选育抗褐飞虱水稻资源，具有鉴定准确性高、操作简单、成本低廉等优点，能够缩短抗褐飞虱水稻的育种周期，降低育种成本。
