本发明公开了一种用于快速检测米氏凯伦藻的crRNA及其引物对。所述crRNA的序列如SE ID NO:2所示;引物对序列如SE ID NO:5和SE ID NO:6所示。本发明首次实现了基于CRISPR‑Cas12a系统针对有毒有害赤潮藻的现场精准检测,靶标核酸的检测信号可分别通过荧光定量PCR、蓝光或紫外激发及侧流层析试纸条三种不同方式呈现。通过恒温扩增(RAA)并结合CRIPSPR‑Cas12a系统实现对米氏凯伦藻特定DNA序列快速检测的同时,还具有成本低,耗时短,灵敏度高,特异性强,设备依赖性低,便于推广使用的优势。