一种鉴定东北林蛙遗传性别的分子标记及其应用,它涉及分子标记领域。为了解决目前无法对东北林蛙遗传性别进行鉴定的问题,本发明提取东北林蛙脚趾组织的基因组,以提取的基因组DNA为模板,以含SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示序列的引物对进行PCR扩增反应。通过14%的聚丙烯酰胺凝胶对PCR扩增产物进行电泳检测,扩增结果具有SEQ ID NO:3所示核苷酸序列(261 bp)对应条带的个体为遗传雄性东北林蛙,缺失SEQ ID NO:3所示核苷酸序列对应条带的个体为遗传雌性东北林蛙。该发明可鉴定伪雄个体,即生理为雄性,但遗传为雌性的个体。利用伪雄个体与雌性个体交配,产生的后代,生理雌性比例高达90%以上。能实现对东北林蛙养殖群体性别控制,提高东北林蛙养殖的经济效益。