本发明涉及一种利用CRISPR/Cas9系统同时改良水稻香味和白叶枯病抗性的方法及表达载体,属于水稻改良技术领域。本发明所述方法利用CRISPR/Cas9系统抑制水稻香味基因Badh2和白叶枯病感病基因SWEET14的表达;所述CRISPR/Cas9系统中,所述水稻香味基因Badh2的引导RNA靶位点的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,所述白叶枯病感病基因SWEET14的引导RNA靶位点的核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明方法能够在后代中分离获得无转基因标记的,带有香味且白叶枯病抗性显著提高的突变体,为优质抗病水稻育种提供了新的种质资源和创制方法。