本发明涉及一种检测具有厌氧条件下降解烃功能的微生物的方法,该方法包括如下步骤:(1)提取样品微生物的DNA;(2)分别采用序列表中SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示引物对1、SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示引物对2,及SEQ ID NO:5和SEQ ID NO:6所示引物对3对样品微生物的DNA进行PCR扩增;(3)将PCR扩增产物连接转化至感受态细胞并测序;(4)分析序列,得到样品中具有厌氧条件下降解烃功能的微生物的信息。本发明用特异性引物扩增样品中的微生物DNA,结合测序的方法获得样品中具有厌氧条件下烃降解功能的微生物的信息。本发明的检测特异性强,操作便捷,检测准确、全面,克服了依赖培养及计数的传统检测方法所存在的各种缺陷。