本发明属于分子生物学与生物医学技术领域，具体地说本发明涉及基于CRISPR/Cas9系统的gRNA序列及其组合在敲除人矮小同源合基因（SHOX）保守非编码序列CNE10的应用以及在CNE10调控SHOX基因相关疾病发生过程中的研究。本发明根据CRISPR/Cas9的设计原则，在CNE10基因组的上下游各设计2个最有效靶点，其序列表如SEQ ID NO.1‑4所示，然后将其分别构建在px458载体上，并在CNE10基因组的上下游各筛选得到1个向导RNA（gRNA）。在人骨肉瘤细胞（U2OS）中利用这2个gRNA介导的CRISPR/Cas9系统，可以有效的敲除SHOX保守非编码序列CNE10，该系统操作简便、敲除效率高，适用于研究基因多种功能的细胞模型。本发明涉及的gRNA有望在CNE10调控SHOX基因相关疾病（软骨细胞发育异常、孤独症、Rett综合征及胰腺发育不全）治疗中得到推广应用。
