本发明公开了一种水稻OsNAC129在负调控粒形和淀粉合成上的应用,所述水稻OsNAC129的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.4所示,包括OsNAC129的突变体功能缺失突变导致籽粒大小、表观直链淀粉含量都显著增加,过表达OsNAC129导致籽粒减小,表观直链淀粉含量显著降低。本发明的有益效果为:本发明中OsNAC129是一个NAC家族转录因子,通过对其功能缺失突变体和过表达转基因植株的全面表型分析发现,它同时参与粒形和表观直链淀粉含量的调控,这表明OsNAC129能够同时参与水稻产量和品质的调控。另外通过精细的实验设计,我们发现OsNAC129同时参与BR信号和ABA信号通路,而已有的大量研究表明BR可以通过调控水稻株型,穗型和粒形促进产量的提升,ABA则主要参与胁迫应答以及种子灌浆和萌发。