本发明公开了一种脂肪酶突变体及其应用,所述突变体命名为S7E/P34S/P46A‑pRML,是将米黑根毛霉脂肪酶前导肽中第7位氨基酸从丝氨酸突变成谷氨酸、第34位氨基酸从脯氨酸突变为丝氨酸、第46位氨基酸从脯氨酸突变为丙氨酸,突变体S7E/P34S/P46A‑pRML的氨基酸序列如SEQ ID No.2所示。本发明的脂肪酶突变体,具有较高的酶活性,与野生型PRO‑RML相比,最适反应温度和温度耐受性分别提升到50℃和55℃,胞外酶活提高1.8倍,酶活分泌效率提高1.9倍,酶比活也提高2.26倍。本发明为米黑根毛霉脂肪酶的工业化应用奠定了基础。