与地中海水牛优良泌乳性状相关的分子标记与应用。本发明提供了克隆自ApoB基因的单独使用或组合使用的与水牛泌乳性性状相关的SNP标记,所述的SNP标记选自SNP1~6,其核苷酸序列如SEQ ID NO:1~6所示。其中SNP1的AA基因型,SNP2的GG基因型,SNP3的AA基因型,SNP4的GG基因型,SNP5的GG基因型以及SNP6的GG基因型为优势基因型。本发明还提供了两个优势单倍型组合block1和block2。本发明提供的SNP标记与地中海水牛产奶性状紧密关联,通过检测分子标记可以快速确定被检对象的产奶性状,达到选择目标性状的目的,具有快速、准确、不受环境条件干扰的优点。