本发明公开了一种CAN总线间的负载均衡控制系统,包括两条CAN总线、主节点设备以及控制器;所述控制器与所述主节点设备相连;所述控制器包括先进先出存储器;所述先进先出存储器用于缓存所述主节点设备的发送数据;所述先进先出存储器具有目标队列深度;所述目标队列深度与发送帧数阈值相同。该系统通过设置备用CAN总线的设计方法,以及引入先进先出(F I FO)队列思路,设计一种全新的负载均衡控制算法,实现在高负载时,采用备用CAN总线传输数据,达到将负载目的,使整个CAN总线负载均衡,保障数据实时和稳定传输。可以实现CAN总线均衡负载值动态配置,实现灵活,提升CAN总线传输效率和稳定性。