本申请涉及遗传检测的技术领域,具体公开了棉鼠微卫星分子标记及其引物对与应用、棉鼠遗传检测的方法。本申请提供了棉鼠微卫星分子标记,棉鼠微卫星分子标记选自30个STR位点的任意一种或多种,所述30个STR位点的核苷酸序列分别对应为SEQ ID NO. 1至SEQ ID NO. 30所示。本申请还提供了用于PCR扩增上述微卫星分子标记位点的引物对及其在棉鼠的种群遗传多样性检测、个体鉴定或分子辅助育种方面的应用。本申请提供的为棉鼠微卫星分子标记及其引物对棉鼠的遗传学研究提供了分子技术支持,有助于建立实验动物棉鼠质量控制标准,进而有助于为生命科学和医学研究提供一种新型的合格实验动物。