本发明公开了一种用于鉴定胡萝卜耐抽薹性状的InDel分子标记及其应用。本发明具体公开了胡萝卜耐抽薹性状的InDel分子标记或检测所述胡萝卜耐抽薹性状的InDel分子标记的物质在鉴定或辅助鉴定胡萝卜抽薹中的应用,其中,所述胡萝卜耐抽薹InDel分子标记是核苷酸序列为SEQ ID No.1的第118位‑124位的DNA片段。本发明设计了该InDel分子标记的引物,并提供一种鉴定或辅助鉴定胡萝卜耐抽薹性状的方法。本发明的胡萝卜耐抽薹性状的InDel分子标记准确性高、稳定性好,检测简单便捷,经济高效,可加快胡萝卜育种进程,广泛应用于胡萝卜种质资源分析与分子辅助遗传育种等方面。