本发明公开了一种肿节风SCAR分子鉴定标记的克隆与验证方法,该方法包括以下内容(1)肿节风基因组DNA提取;(2)基因组DNA质量检测;(3)肿节风基因组DNA进行RAPD扩增;(4)肿节风SCAR分子标记的胶回收;(5)肿节风SCAR分子标记的克隆及鉴定;(6)肿节风SCAR分子标记的测序;(7)肿节风鉴定特异性引物的设计;(8)肿节风SCAR分子标记特异引物的验证。本发明通过RAPD扩增技术寻找分子标记物,从分子水平上建立肿节风的特征鉴定指标,即SCAR(Sequence‑characterized amplified region maker,SCAR)分子鉴定标记,为鉴定肿节风及区分混淆品提供理论依据和技术支持,建立出一套中药分子鉴定的可靠方法。