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[发明专利]筛选微卫星位点的方法及其应用-CN202110042650.2有效
发明人：肖姗姗;王涛;常壹昭 -专利权人：杭州瑞普基因科技有限公司
申请日： 2021-01-13 - 公布日： 2022-06-10 - 主分类号： C12Q1/6809 文献下载
摘要：本发明提出一种筛选微卫星位点的方法，该方法包括：(1)对已知微卫星稳定性状态的样本进行测序，以便获得包含待分析微卫星位点的测序读段；(2)基于所获得的测序读段，采用下列两种方式至少之一进行微卫星位点的筛选：(a)将所述测序读段与参考序列进行比对，获得包含所述待分析微卫星位点的测序读段的读段数目及读段长度，获得目标微卫星位点；和(b)基于包含待分析微卫星位点的测序读段在所述已知微卫星稳定性状态的样本中的step‑wise difference值，获得目标微卫星位点。利用本发明的方法可以准确判断备选微卫星位点是否适合作为判定待检测样本微卫星稳定性的位点，使得所选择的微卫星位点可以准确判断待检测样本的微卫星稳定性的属性。
筛选卫星方法及其应用

[发明专利]Kraken2软件输出结果的优化方法及鉴定样本中物种类型的方法-CN202011583243.4在审
发明人：王涛;肖姗姗;常壹昭 -专利权人：杭州瑞普基因科技有限公司
申请日： 2020-12-28 - 公布日： 2021-04-06 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明提出了Kraken2软件输出结果的优化方法，所述方法包括：将测序结果中每个读段的子读段与已知数据库中的物种序列进行匹配，获取每个读段中匹配上每个物种的子读段的kmer数，选择每个读段中各kmer数中的最大值，记作kmermax数；将所述kmermax数与第一阈值进行比较，当所述kmermax数小于等于第一阈值时，去除所述kmermax数对应的读段，以便对所有读段进行过滤。本发明的方法可以准确地优化Kraken2软件输出结果，避免出现假阳性现象，可以应用于鉴定样本中物种类型。
kraken2 软件输出结果优化方法鉴定样本物种类型