本发明提供了一种渤海三疣梭子蟹原种的微卫星标记、其引物及应用,包括微卫星标记ZL05,其序列如SEQ ID NO.1所示;微卫星标记PrMa01,其序列如SEQ ID NO.2所示;微卫星标记PrMa03,其序列如SEQ ID NO.3所示;微卫星标记PrMa04,其序列如SEQ ID NO.4所示。所述微卫星标记ZL05与三疣梭子蟹的全甲宽性状相关联;所述微卫星标记PrMa01、PrMa03、PrMa04均与三疣梭子蟹的全甲宽、背甲底宽、背甲长、螯肢掌节长、螯肢长节长、体高和体重性状相关联。本发明提供微卫星标记,其多态性高,PCR扩增稳定,可用于对渤海三疣梭子蟹原种进行标记。