本发明涉及一种利用知识数据库的医学图像的自动分割方法，所述知识数据库包含关于在a x b x n维的3D医学图像，即，由n个均为a x b维的不同2D图像构成的3D医学图像中可见的解剖和病理结构或器械的信息。所述方法的特征在于主要包括三个处理步骤，即，第一步骤，包括从所述医学图像中提取9个a/2 x b/2 x n维的子图像(1至9)，即，从每个2D图像中提取9个部分重叠的a/2 x b/2子图像；第二步骤，包括9个卷积神经网络(CNN)分析和分割每个2D图像的这9个子图像(1至9)中的每一个；第三步骤，将n个不同的2D图像的9个分析和分割的结果，并且因此，分割的9个a/2 x b/2 x n维的子图像的结果组合成与初始医学图像的单一分割对应的a x b x n维的单一图像。
