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[发明专利]一种基于随机森林分类算法的超亮光斑定位识别方法-CN202310359888.7在审
发明人： 倪洁蕾;倪燕翔;曹博;梁国涛 -专利权人：深圳大学
申请日： 2023-04-06 - 公布日： 2023-09-12 - 主分类号： G06V20/69 文献下载
摘要：本发明提供一种基于随机森林分类算法的超亮光斑定位识别方法，属于单分子定位识别技术领域。本发明基于随机森林分类算法的超亮光斑定位识别方法包括如下步骤：单分子库的建立步骤：用于建立模拟单分子定位超分辨显微成像的单分子库；超亮光斑数据的模拟步骤：用于模拟超亮光斑；随机森林分类模型训练步骤：采用随机森林算法对所述单分子光斑和超亮光斑数据进行训练，获取所述随机森林分类模型；识别校准步骤：采用所述随机森林分类模型，对生物亚衍射极限结构单分子定位超分辨显微成像的超亮光斑进行定位数识别和定位信息校准。本发明有效提高了超亮光斑定位的准确度，改进了单分子定位超分辨显微成像对生物标本的定量和比较分析能力。
一种基于随机森林分类算法亮光定位识别方法

[发明专利]一种基于基准标记物的漂移矫正与筛选方法及成像方法-CN202310438218.4有效
发明人：倪燕翔;倪洁蕾;李开元;谈笑 -专利权人：深圳大学
申请日： 2023-04-23 - 公布日： 2023-08-29 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本发明提供一种基于基准标记物的漂移矫正与筛选方法及成像方法。本发明基于基准标记物的漂移矫正与筛选方法包括如下步骤：固定荧光基准标记物，使每个生物样品的成像视场有一定数量的荧光基准标记物；对荧光基准标记物和生物样品进行单分子定位成像，并对所述荧光基准标记物定位；荧光基准标记物筛选：对多颗荧光基准标记物的定位轨迹取平均，作为初始漂移轨迹，基于所述初始漂移轨迹，筛选能够用于漂移矫正的荧光基准标记物作为定位荧光基准标记物；利用定位基准标记物的定位数据重新计算漂移轨迹；基于重新计算的漂移轨迹，对生物样品的成像序列进行漂移矫正。本发明的有益效果为：提高目标分子的定位精度，有效提高了成像性能。
一种基于基准标记漂移矫正筛选方法成像

[发明专利]光学成像系统、成像检测系统与方法及基因测序方法-CN201811537042.3有效
发明人：李虹瑾;林小睿;倪洁蕾;魏栋;倪鸣 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2018-12-14 - 公布日： 2023-03-28 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：本发明提供一种光学成像系统与成像检测系统，光学成像系统包括物镜、像散模块、会聚透镜/透镜组及信号采集装置，物镜会聚基因测序芯片上下表面荧光基团所发出的荧光信号，像散模块改变上下表面同一位置处至少一个荧光基团对应的荧光信号的强度分布，会聚透镜/透镜组会聚荧光信号，使之被信号采集装置采集生成成像光斑。成像检测系统包括识别基因测序芯片上下表面碱基类别的碱基类型识别模块及根据成像光斑的强度分布区分碱基类型识别模块识别的碱基位于基因测序芯片的上表面还是下表面的上下碱基区分模块。本发明还提供相关的成像检测方法及基因测序方法。利用本发明，提高了测序的数据产量及降低了成本。
光学成像系统检测方法基因

[发明专利]超分辨成像系统与方法、生物样品识别系统与方法、核酸测序成像系统与方法及核酸识别系统与方法-CN202080062961.9在审
发明人： 倪洁蕾;倪鸣;周藩;苏泽宇;冀珂;魏栋;沈梦哲;梁元庆;李美;徐讯 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2020-03-09 - 公布日： 2022-04-12 - 主分类号： G01N21/64 文献下载
摘要：一种超分辨成像系统(1,41,51)、超分辨成像方法、生物样品识别系统(4,61)与方法、核酸测序成像系统(5)与方法及核酸识别系统(6)与方法，该超分辨成像系统(1,41,51)包括照明系统(A)与成像系统(B)，照明系统(A)输出激发光照射生物样品以生成受激光，成像系统(B)收集及记录受激光以生成受激光图像，照明系统(A)包括激发光源(10,10a)与结构光产生及调制装置(11,11a)，激发光源(10,10a)输出激发光，结构光产生及调制装置(11,11a)将激发光调制成结构光照射生物样品以产生受激光，结构光产生及调制装置(11,11a)包括结构光控制装置(113,113a)，结构光控制装置(113,113a)控制结构光产生及调制装置(11,11a)以改变其输出的结构光的相位与结构光投射于生物样品上的照明图案的方向，成像系统(B)配合结构光相位及/或照明图案的方向的改变拍摄至少一成像视场内至少一波长的激发光激发的受激光的图像，由此提升了成像效率。
分辨成像系统方法生物样品识别核酸

[发明专利]图像重构方法、系统、电子装置及存储介质-CN202010197365.3在审
发明人：冀珂;倪洁蕾;李美;周藩 -专利权人：深圳华大生命科学研究院
申请日： 2020-03-19 - 公布日： 2021-10-12 - 主分类号： G06T3/40 文献下载
摘要：本发明提供一种图像重构方法、系统、电子装置及存储介质，所述方法包括：对原始图像进行预处理，所述预处理包括去除原始图像背景及进行归一化处理；获取预处理后图像中的照明光参数；根据获取的照明光参数生成照明光亮度分布；及根据所述照明光亮度分布与预处理后的图像进行图像重构。应用本发明，提高了图像重建的质量，且适用于任何已知亮度分布的采样照明光。
图像方法系统电子装置存储介质

[实用新型]浸液物镜-CN201720400674.X有效
发明人： 倪洁蕾;倪鸣;魏栋 -专利权人：深圳华大基因研究院
申请日： 2017-04-17 - 公布日： 2017-11-14 - 主分类号： G02B21/33 文献下载
摘要：本实用新型公开了一种浸液物镜，包括物镜、垫圈和盖玻片，物镜为干燥物镜，盖玻片密封安装在垫圈的一端，盖玻片的外径大于等于垫圈的外径，垫圈的另一端密封安装在物镜上，并且垫圈的内径大于等于物镜的通光口径。由于在现有的干燥物镜上加装了垫圈和盖玻片，使得物镜能够用于浸泡成像(物镜浸泡在液体中成像)，通过简单的改进实现了浸泡式成像，与商用的水浸物镜相比，降低了设计的复杂度，同时成本可低至原有成本的1/10，并且浸泡成像的质量不受影响，能够达到高质量的光学成像。
浸液物镜

[发明专利]缩短飞秒激光在空气中成丝长度的装置和方法-CN201110229222.7无效
发明人：曾斌;姚金平;储蔚;倪洁蕾;张海粟;李贵花;程亚;徐至展 -专利权人：中国科学院上海光学精密机械研究所
申请日： 2011-08-11 - 公布日： 2012-04-11 - 主分类号： G02F1/35 文献下载
摘要：一种缩短飞秒激光在空气中成丝长度的装置和方法，该装置的构成是在飞秒激光输出的光路上，由依次设置的平凸柱面透镜、平凹柱面透镜、第一光栅、第二光栅和聚焦透镜构成，所述的第一光栅和第二光栅相对且平行放置，所述的平凸柱面透镜和平凹柱面透镜之间的距离为两者焦距之差。本发明的装置和方法具有简单而有效的特点，采用本发明装置和方法所形成的光丝的长度，相比于只用聚焦透镜产生的光丝显著缩短，缩短量10倍以上。短的光丝有利于提高远程探测的分辨率，且通过改变光栅间的距离来改变光丝的位置，可用于扫描探测。短的光丝还将大大减小远程探测过程中噪声，从而提高探测的信噪比。该方法对于远程精确扫描探测有重要的意义。
缩短激光空气中成丝长度装置方法

[发明专利]飞秒激光加工装置-CN201010177608.3无效
发明人：程亚;何飞;徐晗;熊辉;倪洁蕾;冯雯;徐至展 -专利权人：中国科学院上海光学精密机械研究所
申请日： 2010-05-14 - 公布日： 2010-10-20 - 主分类号： B23K26/00 文献下载
摘要：一种飞秒激光加工装置，包括飞秒激光器，沿该飞秒激光器输出的飞秒激光光路依次是小孔光阑、平行光栅对、双色镜、显微物镜和加工对象，该加工对象固定于三维精密电控位移平台上并使所述的显微物镜的焦点位于该加工对象的内部，所述的双色镜与所述的飞秒激光光路的夹角为45°，在该双色镜的垂直方向设置照明光源，该照明光源所发出的白光经所述的双色镜反射后再通过显微物镜聚焦于加工对象的加工区域，为整个加工过程提供照明，在所述的双色镜另一反射方向依次设置透镜和CCD，所述的三维精密电控位移平台和CCD与计算机相连。本发明装置能实现各向同性的高精度加工，可应用于光波导和微流体通道制备中。
激光加工装置

[发明专利]双色双光子荧光成像方法和装置-CN200910053695.9无效
发明人：乔玲玲;倪洁蕾;王琛;程亚;徐至展 -专利权人：中国科学院上海光学精密机械研究所
申请日： 2009-06-24 - 公布日： 2009-11-25 - 主分类号： G02B21/36 文献下载
摘要：一种双色双光子荧光成像方法和装置，采用六束双色光束，分别沿±X，±Y，±Z六个方向入射到样品3中，形成三维点阵来激发荧光，并在探测光路中使用一个二维小孔阵列6滤除背景荧光的方法，利用两种不同频率的飞秒脉冲激光组成双色光束，两者同轴，波长分别为λ₁和λ₂，且λ₁＝2λ₂。两种波长的光在样品3中形成两种不同的三维点阵结构，调节延时线10使六束光等光程，只有在两种三维点阵相互重合的区域才能激发双色双光子荧光。本发明装置可有效地提高三维成像的分辨率和成像速度，而且操作方便。
双色双光子荧光成像方法装置

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