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[发明专利]一种基于两阶段多任务学习的肿瘤进展评估方法-CN202310850165.7在审
发明人： 俞章盛;夏瑜葭;周杰;张进;荀晓蕾;金星宰 -专利权人：上海交通大学;百济神州（北京）生物科技有限公司
申请日： 2023-07-12 - 公布日： 2023-10-17 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于两阶段多任务学习的肿瘤进展评估方法，该方法包括：CT图像采集；粗分割预测；两阶段多任务学习框架搭建：整合纵向影像间关联性、临床先验信息以生成特征图谱，基于多任务学习框架，分别构建基于肿瘤总体积的疾病进展分类子模型和基于新发病灶的进展分类子模型，分别进行肿瘤总体积变化进展评估和新发病灶评估；其中基于肿瘤总体积的疾病进展分类子模型采用分割和分类两分支结构，在分类分支中对进展判断标签进行连续化有序编码，以优化前向配准的粗分割结果并通过逆向变换返回；整合肿瘤总体积变化进展评估结果和新发病灶评估结果，得到肿瘤进展评估结果。与现有技术相比，本发明具有肿瘤进展评估准确性高的优点。
一种基于阶段任务学习肿瘤进展评估方法

[发明专利]一种基于肿瘤病理图像的基因空间表达预测方法-CN202310811237.7在审
发明人： 俞章盛;高瑞恬 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2023-07-04 - 公布日： 2023-10-03 - 主分类号： G16B15/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于肿瘤病理图像的基因空间表达预测方法，该方法包括：获取空间转录组中的病理图像和基因表达数据并进行预处理；采用卷积神经网络和图神经网络分别提取组织纹理信息与细胞结构特征，构建基于深度学习模型的基因空间表达预测模型，并采用预处理的病理图像和基因表达数据进行模型训练；采用训练好的基因空间表达预测模型进行基因空间表达预测。与现有技术相比，本发明具有预测准确性高的优点。
一种基于肿瘤病理图像基因空间表达预测方法

[发明专利]一种用于空间转录组数据的空间可变基因识别方法及系统-CN202310369928.6在审
发明人： 俞章盛;袁欣;马嫣然 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2023-04-07 - 公布日： 2023-07-18 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种用于空间转录组学数据的空间可变基因识别方法，该方法包括：通过半池化方法对原始数据进行数据转换和特征提取；对半池化处理得到的输出数据进行稳定性检验；对稳定性检验结果进行组合测试，从而识别空间可变基因。与现有技术相比，本发明具有识别准确度高，计算速度快等优点。
一种用于空间转录数据可变基因识别方法系统

[发明专利]一种临床研究管理方法、系统及存储介质-CN202211091612.7在审
发明人： 俞章盛;冯铁男;孔伟民;吕文文 -专利权人：上海交通大学医学院
申请日： 2022-09-07 - 公布日： 2023-06-23 - 主分类号： G16H70/20 文献下载
摘要：本申请实施例公开了一种临床研究管理方法、系统及存储介质，所述临床研究管理方法应用于临床研究平台，所述临床研究平台包括：人工智能算法管理模块、临床数据管理模块和临床研究管理模块，所述临床研究管理方法包括以下步骤：通过所述人工智能算法管理模块，定义不同算法的数据调用自定义功能，获取所需数据，基于对应的标准化输入数据的算法，输出模型；通过所述临床数据管理模块，对所述数据进行查询、导出和/或展示操作；通过所述临床研究管理模块，自我迭代更新临床研究规范，使所述数据和所述算法符合临床研究规范，基于所述数据和算法开展符合所述临床研究规范的临床研究。
一种临床研究管理方法系统存储介质

[发明专利]一种全视野数字切片组织病理图片中的细胞核分类方法-CN202210224218.X在审
发明人： 俞章盛;鹿可·约翰斯通 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2022-03-09 - 公布日： 2022-07-12 - 主分类号： G06T7/00 文献下载
摘要：本发明涉及一种全视野数字切片组织病理图片中的细胞核分类方法，包括：对患者的组织病理学WSI进行预处理，并根据处理后的WSI中细胞核的核质心到像素的经验密度对虚拟类别进行分层，并获取训练集和验证集；以空间区域为目标，对类不平衡的影像提升分类F1水平，并提取核特征；核特征提取后，采用Hovernet中的三个独立的密集连接解码器分别执行核检测、像素到核质心的水平和垂直距离估计以及对核预测进行分类；采用拥有多个目标函数组合的成本函数最小化目标函数，获取最终细胞核分类结果。与现有技术相比，本发明具有显著提高MSE，有助于模型对类进行更好地学习，以及提升分类结果准确度等优点。
一种视野数字切片组织病理图片中的细胞核分类方法

[发明专利]基于组织病理学图像和基因表达数据的胃癌患者生存风险预测方法-CN202111120511.3在审
发明人： 俞章盛;魏婷 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2021-09-24 - 公布日： 2022-01-07 - 主分类号： G16H50/50 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于组织病理学图像和基因表达数据的胃癌患者生存风险预测方法，对组织病理学图像进行细胞核分割，选取细胞核数目最大的图像小块作为神经网络的输入；整合组织病理学图像与结构化的人口统计学和基因表达数据构建多模态融合模型。与现有技术相比，本发明具有提高预测精度等优点。
基于组织病理学图像基因表达数据胃癌患者生存风险预测方法

[发明专利]一种基于多模态数据融合的恶性肝肿瘤分类方法-CN202110946370.4在审
发明人： 俞章盛;高瑞恬;顾劲杨;赵帅;魏婷;周杰 -专利权人：上海交通大学
申请日： 2021-08-18 - 公布日： 2021-11-16 - 主分类号： G06K9/62 文献下载
摘要：本发明涉及一种基于多模态数据融合的恶性肝肿瘤分类方法，通过对非结构化多期CT影像数据的规范化预处理，对结构化的信息进行离散化处理，构建基于卷积神经网络的空间特征提取模块，以及基于门控循环神经网络的时序信息编码模块，并通过多模态数据融合模块，结合非结构化的影像数据与结构化的信息，最终得到深度学习恶性肝肿瘤分类。与现有技术相比，本发明在卷积神经网络的基础上，引入门控循环神经网络，有效挖掘多期造影增强CT的空间时序特征，并使用多模态数据融合将影像特征与临床数据结合，能够显著提高区分肝细胞癌(HCC)，肝内胆管癌(ICC)和转移性肝癌的准确度。
一种基于多模态数据融合恶性肿瘤分类方法