本发明提供了一组高原鼢鼠多态性微卫星分子标记,属于DNA分子标记技术领域。所述微卫星分子标记是SEQ ID NO:1~SEQ ID NO:10中任意一种或多种所示的核苷酸序列。本发明通过高通量测序技术,使用生物信息学方法,筛选含有微卫星的DNA序列,设计特异性引物,并对这些微卫星位点进行了多态性检测,开发了一组(10个)具有丰富多态性的高原鼢鼠微卫星分子标记,并提供了一组高原鼢鼠微卫星引物。本发明提供的高原鼢鼠微卫星引物对能够对微卫星位点进行特异性扩增,并且具有高度多态性,可以应用于高原鼢鼠及其近缘种遗传多样性、种群遗传结构、谱系地理、进化与亲缘关系等研究领域,具有优异的应用前景。