本发明涉及分子生物学、免疫学和病毒学领域,具体提供了一株鸡新型圆圈病毒3型(GyV3)毒株及基于该病毒的检测体系,该病毒毒株生物保藏编号为CCTCC NO:V202061,其VP1基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示,其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示,同时发明人还提供了该病毒的ELISA抗体检测方法和鸡新型GyV3的实时荧光定量PCR检测方法组成检测体系,二者结合可实现对该GyV3病毒安全、特异、快速、灵敏、简单的快速检测,从而为鸡新型环状病毒GyV3的流行病学、早期诊断提供参考依据,具有重要的意义,填补了国内外相关领域空白。