[发明专利]太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座及其应用

说明书

本发明公开了一组太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座，位于基因组的chr19:6 406 070‑chr19:6 412 735区间内，包括物理距离如下的显著SNP位点当中的一组或多组：19:6381462、19:6382350、19:6382585、19:6382662、19:6382781、19:6406070、19:6406141、19:6406152、19:6406169、19:6406170、19:6406188、19:6406306、19:6408239、19:6412674、19:6412735。本发明开发了一系列与蛋鸡开产日龄相关的SNP位点，能够用于开发与太行鸡开产日龄相关的分子标记及其引物，并进一步用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得开产日龄更早的优势太行鸡品种。

技术领域

本发明涉及分子生物学技术领域，尤其涉及与太行鸡开产日龄相关的分子育种技术。

背景技术

我国鸡肉、鸡蛋生产及消费水平均位于世界前列。近年来，家禽育种业进入发展平稳阶段，需要寻求新的突破。通过传统育种选择，商业化蛋鸡品系已达到很高的生产水平。产蛋性能是鸡生产育种的重要经济性状，是影响家禽业经济效益的重要因素之一。虽然，近几十年来，通过常规育种方法针对产蛋性状的选育卓有成效，然而，相比于其他生产性状，需要付出更多的选育时间和代价，如何实现新的突破以及提高选育效率变得至关重要。因此，需要在动物育种技术不断革新的时期，完善家禽育种的遗传改良体系，为家禽育种技术体系提供高精准的理论指导和技术方法，促使我国家禽育种业的经济效益持续提升。

分子标记是遗传学研究的重要材料。单核苷酸多态性标记因其数量多、分布广泛、易于准确鉴定等特点，被广泛地应用于人类和动植物各项遗传学研究，包括遗传图谱构建，连锁分析，关联分析，基因组预测等。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)标记是第三代遗传标记，是指在基因组DNA序列上有单个碱基的突变而产生的一种多态性，这种突变包括单碱基的颠换、转换、插入和缺失。SNP具有量大、高频率、低突变率等优点，广泛应用于基因组分析、生物信息自动化检测、简单和复杂疾病的遗传研究、畜牧育种标记及全球种族遗传学等研究。SNP位点辅助选择育种，是在分子水平上对目标性状进行选择，可以不受环境影响，通过遗传背景选择，减少连锁累赘，从而加速育种过程及精准度。

全基因组关联分析(Genome-wide association studies，GWAS)是畜禽经济性状遗传改良和机理解析的重要方法。随着二代测序技术的发展，全基因组重测序技术成为高通量SNP分型的有力工具，对于少数样本的研究而言，通过高深度全基因组测序便可以充分获取样本基因组信息，然而对于群体遗传学而言，目前高深度全基因组测序用于大规模样本还过于昂贵。在这种背景下，研究人员摸索出了一种大样本低深度重测序的新型测序策略。该策略首先对群体中所有个体进行全基因组低深度测序和变异查找，之后根据SNP位点间的连锁不平衡 (Linkage Disequilibrium, LD) 对缺失基因型进行推断，最终获取大规模样本全基因组水平的高密度遗传标记。

鸡开产日龄是一个与繁殖和生长性能均有密切联系的指标，一般来说开产日龄和产蛋数呈现负相关，即开产越早，产蛋数目越多。若能够筛选一种与母鸡开产日龄显著相关的SNP位点或SNP分子标记，则有助于为蛋鸡的标记辅助选择育种提供有利的理论依据。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座及其应用，在数量性状基因座QTL区间内包含多个极其显著相关的单核苷酸多态性SNP位点。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。