[发明专利]一种鉴别水稻GS5基因和GLW7基因类型的引物及其应用

说明书

本发明公开了一种鉴别GS5基因和GLW7基因类型的引物及其应用，属于水稻品种鉴定技术领域。本发明通过将水稻GS5基因和GLW7基因简的单重复序列转变为酶切分子标记来鉴别GS5基因和GLW7基因类型，其核苷酸序列如SEQ ID NO.：1～6所示。利用本发明的分子标记，可以准确鉴定GS5和GLW7基因的有利变异类型，加快育种筛选效率及进程；本发明设计的酶切分子标记扩增效果好，且所选酶是价格较低的常用酶，可极大降低鉴定成本，适用于大量品种基因型分析。

技术领域

本发明属于水稻品种鉴定技术领域，具体涉及一种鉴别水稻GS5基因和GLW7基因类型的引物及其应用。

背景技术

水稻是重要粮食作物，随着我国经济发展及人民生活水平的提高，对水稻品种提出了更高的要求。而当前传统品种改良的时间周期较长，且需要种植大量群体并借助肉眼观察筛选目标性状，随着水稻基因组信息的完善及功能基因研究的不断突破，利用分子标记辅助选择定向改良品种成为一种有效手段。SSR标记是一种较为常见的分子标记，其特征为一段核酸碱基序列的简单重复。该标记可以采用PCR扩增的方式进行区分，若两个品种的重复序列数目差异很大，则对应PCR扩增产物的片段差异也较大，一般差异大于10个碱基且扩增片段不超过对应差异碱基数目的10倍即可采用琼脂糖凝胶电泳方法进行直接区分，当SSR碱基差异数目小于10个碱基时，尽管PCR可以扩增，但很难在琼脂糖凝胶上进行区分，必须借助丙烯酰胺凝胶进行区分，而后者具有制胶过程繁琐、电泳时间长且凝胶成分毒性大的缺点。水稻中目前已经发现一些关键性状变异是SSR重复序列差异导致的，若对这类SSR进行有效识别，可直接追踪相关性状，且不需要担心目标性状由于染色体重组而丢失的问题。

发明内容

发明目的：本发明要解决的技术问题是提供一种通过将水稻简单重复序列转变为酶切分子标记从而鉴别水稻GS5基因和GLW7基因类型的引物及其应用。

技术方案：为解决上述技术问题，本发明提供如下技术方案：

一种鉴别GS5基因和GLW7基因类型的引物，包括如下引物：

(1)鉴别GS5基因类型的引物：其核苷酸序列如SEQ ID NO.：1～2所示；

(2)鉴别GLW7基因类型的引物：其核苷酸序列如SEQ ID NO.：3～4或SEQ ID NO.：5～6所示。

一种鉴别GS5基因或GLW7基因类型的试剂，包括SEQ ID NO.：1～6任一所示引物。

一种鉴别GS5基因基因类型的方法，包括如下步骤：

(1)提取待测水稻的基因组DNA；

(2)以步骤(1)得到的DNA为模板、SEQ ID NO.：1～2所示序列为引物分别进行PCR扩增；

(3)SEQ ID NO.：1～2所示引物扩增得到的产物用AluI内切酶进行酶切处理，然后将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳；

(4)若SEQ ID NO.：1～2所示引物的PCR产物以AluI内切酶酶切后得到片段大小为229bpbp，则该水稻中GS5基因型为AAAC；若AluI内切酶酶切后得到片段大小为262bp，则水稻中GS5基因型为AAACAAAC。

一种鉴别GLW7基因基因类型的方法，包括如下步骤：

(1)提取待测水稻的基因组DNA；

(2)以步骤(1)得到的DNA为模板、SEQ ID NO.：3～4所示序列为引物分别进行PCR扩增；

(3)SEQ ID NO.：3～4所示引物扩增得到的产物用HinfI内切酶进行酶切处理，然后将酶切产物进行琼脂糖凝胶电泳；