[发明专利]鉴定和使用糖肽作为诊断和治疗监测的生物标记物

权利要求书

1.一种鉴定糖基化肽片段作为潜在生物标记物的方法，包括：

从多名受试者分离多种生物样品，将每种生物样品中的糖基化蛋白，用一种或多种蛋白酶进行酶解，以产生糖基化肽片段；

用液相色谱和质谱(LC-MS)法定量分析糖基化肽片段，以提供定量结果；

使用机器学习方法分析定量结果及受试者的分类，以选择可用于预测该分类的糖基化肽片段；和

测定糖基化肽片段的特性。

2.根据权利要求1所述的方法，所述受试者包括患有疾病或症状的受试者和未患有所述疾病或症状的受试者。

3.根据权利要求1或2所述的方法，所述受试者包括接受疾病或症状治疗的受试者和患有该疾病或症状但未接受治疗的受试者。

4.根据权利要求2或3所述的方法，所述疾病是癌症或自身免疫疾病。

5.根据权利要求4所述的方法，所述癌症选自乳腺癌、宫颈癌或卵巢癌。

6.根据权利要求5所述的方法，所述自身免疫疾病是HIV、原发性硬化性胆管炎、原发性胆汁性肝硬化或牛皮癣。

7.根据在先任一权利要求所述的方法，所述糖基化肽片段是N-糖基化的。

8.根据在先任一权利要求所述的方法，所述糖基化肽片段是O-糖基化的。

9.根据在先任一权利要求所述的方法，所述糖基化蛋白是下列中的一种或多种：α-1-酸糖蛋白、α-1-抗胰蛋白酶、α-1B-糖蛋白、α-2-HS-糖蛋白、α-2巨球蛋白、抗凝血酶-III、载脂蛋白B-100、载脂蛋白D、载脂蛋白F、β-2-糖蛋白1、铜蓝蛋白、胎球蛋白、纤维蛋白原、免疫球蛋白(Ig)A、IgG、IgM、触珠蛋白、血红蛋白、富含组氨酸的糖蛋白、激肽原1、血清转铁蛋白、转铁蛋白、玻连蛋白和锌-α-2-糖蛋白。

10.根据权利要求9所述的方法，所述糖基化蛋白是α-1-酸糖蛋白、免疫球蛋白(Ig)A、IgG或IgM。

11.根据在先任一权利要求所述的方法，所述糖基化肽片段的平均长度为约5至约50个氨基酸残基。

12.根据在先任一权利要求所述的方法，所述一种或多种蛋白酶至少包括两种蛋白酶。

13.根据在先任一权利要求所述的方法，所述质谱法包括多反应监测质谱法。

14.根据在先任一权利要求所述的方法，所述生物样品是身体组织、唾液、眼泪、痰、脊髓液、尿液、滑液、全血、血清或血浆。

15.根据权利要求14所述的方法，所述生物样品是全血、血清或血浆。

16.根据在先任一权利要求所述的方法，所述受试者是哺乳动物。

17.根据权利要求16所述的方法，所述受试者是人类。

18.根据在先任一权利要求所述的方法，其中所述机器学习方法是深度学习、神经网络、线性判别分析、二次判别分析、支持向量机、随机森林、最近邻以及它们的组合。

19.根据在先任一权利要求所述的方法，其中所述机器学习方法是深度学习、神经网络及它们的组合。

20.根据在先任一权利要求所述的方法，其中所述分析还包括基因组数据、蛋白质组学、代谢学、脂类组学数据及其组合。