[发明专利]动脉粥样硬化的识别模型的构建方法有效
申请号: | 201810010227.2 | 申请日: | 2018-01-05 |
公开(公告)号: | CN110111841B | 公开(公告)日: | 2023-03-10 |
发明(设计)人: | 陈兴栋;朱嗣博;庆涛;金力 | 申请(专利权)人: | 复旦大学泰州健康科学研究院 |
主分类号: | G16B25/00 | 分类号: | G16B25/00;G16B5/00;C12Q1/6806;C12Q1/6869;C12Q1/6883 |
代理公司: | 北京集佳知识产权代理有限公司 11227 | 代理人: | 张柳;赵青朵 |
地址: | 225300 江苏省*** | 国省代码: | 江苏;32 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 动脉粥样硬化 识别 模型 构建 方法 | ||
1.动脉粥样硬化的识别模型的构建方法,其特征在于,包括如下步骤:
步骤1:获得待测样本的宏基因组DNA;
步骤2:建库、测序,获得宏基因组数据;
所述建库包括DNA碎片化反应;
所述DNA碎片化反应的体系包括Tagment DNA buffer(2x)、Amplicon tagment mix(Tn5)、宏基因组DNA和水;
所述建库还包括宏基因组DNA扩增;
所述宏基因组DNA扩增的反应体系包括所述DNA碎片化反应的产物、NPM、i7 lluminaindex preimer和i5 illumina index primer;
所述宏基因组DNA扩增的反应程序包括:72℃反应3min,95℃反应30s,16次循环(95℃反应10s+55℃反应30s+72℃反应30s),72℃反应5min,10℃终止反应;
所述测序采用Nextera转座子鸟枪宏基因组测序和高通量16s V3-V4rDNA测序
步骤3:所述宏基因组数据经分析,并经训练集和验证集矫正,再经机器学习,结合神经网络算法,获得动脉粥样硬化的识别模型;
所述分析采用QIIME2,Silva数据库,DIAMOND,NCBI Blast nr数据库或MEGAN系统中的一种或多种;
所述分析包括质量控制、比对、距离矩阵计算、操作分类单元(OTU)划分、多样性分析、系统进化树构建和信号通路或差异菌群功能注释+中的一种或多种。
2.根据权利要求1所述的构建方法,其特征在于,步骤1中所述待测样本包括粪便或口腔分泌物。
3.根据权利要求2所述的构建方法,其特征在于,所述口腔分泌物包括唾液或痰液。
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