[发明专利]一种西瓜果皮条纹的SNP标记、检测方法及应用

说明书

本发明公开了一种西瓜果皮条纹的SNP标记、检测方法及应用，涉及分子标记技术领域。本发明的SNP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示；其中，SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列与西瓜果皮条纹性状高度连锁，SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列与西瓜果皮无条纹性状高度连锁。本发明公开了用于检测SNP标记的引物对、试剂盒及SNP标记在西瓜育种中的应用。本发明还公开了检测西瓜果皮条纹性状的方法，采用本发明方法可快速准确鉴定西瓜果皮的条纹形状。本发明的西瓜果皮条纹的分子标记更准确，有助于西瓜育种选择。

技术领域

本发明涉及分子标记技术领域，尤其涉及一种西瓜果皮条纹的SNP标记、检测方法及应用。

背景技术

西瓜(Citrullus lanatus L.)是葫芦科重要的水果型经济作物，因其种植面积和年消费量被评为世界第五大水果，其汁多甘甜、消暑止渴，是夏季消费量最大的水果之一。我国是西瓜最大的生产和消费国，据联合国粮农组织(FAO,http://faostat.fao.org)数据统计，2014年我国西瓜的总栽培面积为186万公顷，总产量高达7505万吨；同时，西瓜产业发展数据显示，我国西瓜的种植面积和产量均保持稳中有升的良好趋势。因此，西瓜作为我国重要的瓜类作物之一，在农业结构产业调整和农村经济发展中发挥着重要的作用。

果皮条纹作为重要的外观品质之一，对改良西瓜的商品性具有重要作用，因此长期以来一直是育种家的研究重点。通过传统育种方对西瓜果皮条纹性状的选择需要在果实生长期进行，存在鉴定周期长、效率低的缺点，而利用分子标记辅助选择育种(MAS,molecular marker-assisted selection)则可在苗期完成对条纹性状的选育，不仅省时省力，而且还可以提高选育的准确性和效率，因此建立西瓜果皮条纹性状的分子标记辅助选择体系，对提高育种效率和加速育种进程具有重要意义。

近年来，随着研究的不断深入，对西瓜果皮条纹的研究取得了一定进展。HeeBum等的研究表明，西瓜的果皮条纹和果皮颜色是由三个独立的基因调控，即：果皮有条纹对无条纹为显性，由单显性基因S调控；深绿色果皮对绿色果皮为显性，由基因D调控；黄色果皮对绿色果皮为显性，由基因Dgo调控，此结论与Weetman提出的模型“西瓜果皮条纹和果皮颜色(深绿色和浅绿色果皮)由同一位点的三个等位基因(Gg^sg)调控”完全不同，另外研究还表明果皮条纹颜色(如黄色条纹)和果皮颜色(黄色果皮)可能是同一个或者相邻的两个基因调控。进一步，Park等利用基因组重测序技术对上述三个基因进行了初定位，其中控制西瓜果皮条纹有无性状的单显性基因S被成功初定位到6号染色体21.78Mb到25.77Mb区域内，物理距离约为3.99Mb，而基因D和Dgo则被分别定位到8号和4号染色体上。Kim等以另两个不同果皮条纹类型的材料“Arka Manik”(边缘弥散型、浅绿色宽条纹)和“TS34”(边缘清晰型、黑色中宽条纹)为亲本，成功构建分离群体，遗传分析发现此亲本中果皮条纹是由多基因控制的数量性状，利用BSA技术(Bulked Segregant Analysi混池分析法)成功将一个主效QTL位点定位到6号染色体24.03Mb到26.32Mb区域范围内。另外，Gama等构建了亲本材料“BRSOpara”(果皮覆边缘清晰型条纹)和“Pérola”(果皮覆边缘弥散型条纹)的分离群体，通过遗传分析发现西瓜果皮的清晰条纹性状由单显性基因调控，利用微卫星多态性标记将相关基因定位到西瓜第6号染色体上，并开发连锁分子标记MCPI_05和MCPI_16，但这两个分子标记与目标基因的遗传距离分别为1.5cM和1.8cM。但上述标记还存在分析群体相对较小，连锁距离相对较远等问题，还不足以克隆其调控基因位点的候选基因。

发明内容

有鉴于此，本发明实施例提供了一种西瓜果皮条纹的SNP标记、检测方法及应用，主要目的是提供一个与西瓜果皮条纹紧密连锁的分子标记FD01071，用该分子标记在苗期可准确检测出西瓜植株的果皮是否会有条纹，为西瓜果皮条纹分子标记辅助技术体系的建立提供帮助。

为达到上述目的，本发明主要提供了如下技术方案：