[发明专利]与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用

说明书

本发明公开了一种与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用，所述分子标记是CGN‑06‑168，其位于谷子第6号染色体的序列第5236168bp位置，碱基为C/T。本发明可以预测谷子码粒数，为实现谷子码粒数性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持。

技术领域

本发明涉及谷子育种技术领域，尤其涉及与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用。

背景技术

我国是谷子的原产地和世界上栽培面积最大、产量最高的国家，产量约占全世界总量的80％。同时，我国也是谷子遗传资源数量最多、多样性最丰富的国家。

谷穗由穗轴和众多谷码组成，码数和码粒数等是影响谷子产量的重要因子，研究与控制谷子码数、码粒数等产量性状相关的基因位置及其功能等，对于指导谷子遗传育种具有重要的意义。

单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP)是基因组水平上由单个核苷酸碱基的变异引起的DNA序列多态性，其在基因组中数量多，分布广泛，遗传稳定性好。随着基因测序技术的发展和成本的降低，对不同个体同一基因或基因片段进行直接测序和序列比较，可以确定碱基是否存在变异。因此，SNP检测有利于基因分型，适用于快速和规模化筛查未知或已知SNP与某遗传性状的关系。

目前关于谷子数量性状相关的QTL(quantitative trait locus)定位和SNP标记研究主要集中于SSR标记的开发利用等途经，而利用群体自交系基因组测序检测单核苷酸多态性(SNP)分子标记的开发应用研究尚未有报道。因此，开展谷子数量性状SNP分子标记的开发，并建立辅助选育体系，对于提高谷子产量，节约育种成本具有重要意义。

发明内容

本发明提供一种与谷子码粒数性状相关的分子标记及其检测引物和应用，可以预测谷子码粒数，为实现谷子码粒数性状的早期鉴定和筛选育种提供分子辅助技术支持。

根据本发明的第一方面，本发明提供一种与谷子码粒数性状相关的SNP标记，该SNP标记是CGN-06-168，其位于谷子第6号染色体的序列第5236168bp位置，碱基为C/T。

进一步地，上述CGN-06-168位点所在的序列如SEQ ID NO：3所示，上述CGN-06-168位点是SEQ ID NO：3所示序列自5’端起第56位碱基。

进一步地，对上述SNP标记，利用复合区间作图法，采用5％的总体显著水平，QTL检测的LOD值为4.0754，表型变异解释率为4.09％。

根据本发明的第二方面，本发明提供一种用于检测如第一方面的SNP标记的引物对，包括：

上游引物23_2F：5’-GTAGCAATGTACTTGCCTTAA-3’(SEQ ID NO：1)和

下游引物23_2R：5’-TTGGTGGAGTGACTGTGAA-3’(SEQ ID NO：2)。

根据本发明的第三方面，本发明提供一种用于检测如第一方面的SNP标记的试剂盒，包括如第二方面的引物对，以及任选的用于PCR扩增的试剂成分，这些试剂成分可以包括PCR缓冲液、dNTPs、DNA聚合酶等。

根据本发明的第四方面，本发明提供一种检测如第一方面的SNP标记的方法，采用如第二方面的引物对，对待检测的谷子基因组DNA进行PCR扩增，并通过测序扩增产物来分析CGN-06-168位点的碱基情况。

根据本发明的第五方面，本发明提供如第二方面的引物对在检测如第一方面的SNP标记中的应用。

根据本发明的第六方面，本发明提供一种谷子码粒数预测方法，采用如第二方面的引物对，对谷子基因组DNA进行PCR扩增，并通过测序扩增产物来分析CGN-06-168位点的碱基情况，进而预测谷子码粒数。