[发明专利]一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用

说明书

本发明公开了一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用，所述试剂盒包含47对常染色体InDel位点基因座、2对Y染色体InDel位点基因座以及1对性别鉴定基因的特异性扩增引物。所述试剂盒能够用于人类个体识别、亲权鉴定以及降解检材识别。本发明包含49个分型较均衡的InDel位点和1个性别鉴定基因，采用六色STR荧光检测系统，高于目前已经公开的法医InDel检测试剂盒；本发明适用于中国人群的检测；本发明建立的50个位点的扩增体系，扩增片段短，扩增子控制在200bp，适用于高度降解检材的InDel分型；本发明所述扩增体系提高了降解检材中位点的检出数目；本发明所述的体系中引入的2个Y‑InDel位点，能够对性别鉴定基因Amelogenin起到辅助判定的作用。

技术领域

本发明属于分子生物学领域，涉及采用分子标记进行基因检测，具体为一种人类常染色体和Y染色体InDel遗传多态性位点复合扩增试剂盒及其应用。

背景技术

亲权鉴定和个体识别是法医DNA鉴定的主要内容。短串联重复序列(short tandemrepeat，STR)分型技术是目前普遍采用的技术手段。STR基因座是核心序列为2～6bp的短串联重复多态性遗传标记。20世纪90年代初，STR基因座首次作为一种重要的遗传标记在人类亲权鉴定中被使用。从此，法医物证鉴定进入了DNA鉴定时代。随着STR基因座在法医DNA分析中的广泛应用，其缺陷也日益受到关注，如STR基因座的高突变率不利于亲权鉴定的结果解释，PCR扩增子较长不易实现对降解检材的DNA分型，STR基因座的数量有限不利于复杂亲缘关系的鉴定等。而曾被学界提出有望作为STR替代标记的单核苷酸多态性(singlenucleotide polymorphism，SNP)则因受到分型系统的限制而止步于更广泛的法医DNA鉴定的应用。

InDel多态性是人类基因组中一种特殊类型的二等位基因遗传标记，表现为基因组中插入或缺失了不同大小的小片段。InDel作为新一代的法医遗传学鉴定标记，兼具STR和SNP的优点。与STR相比，InDel突变频率较低，约为10-8，比STR小几个数量级，相对比较稳定。同时在结构上属于二等位基因多态性，等位基因都固定并且已知，能够通过很小的扩增子进行扩增，提高了扩增高度降解检材的成功率。与SNP相比，InDel本质上属于长度多态性，可以应用于目前法医DNA实验室普及的毛细管电泳技术平台上进行分析，分型技术易于掌握和普及。2006年，Mills等创建了第一个人类基因组InDel图谱。该图谱中包含有415000多个具有特异性的多态性位点，平均密度为每7.2kb一个InDel位点。2011年的随访研究又报道了在79种不同人群的基因组中发现了近200万个InDel多态性标记。这项工作被认为是InDel位点识别方面里程碑式的进展，大大促进了InDel在相关领域的研究，同时也引起了法医学领域的关注。2009年，Pereira等建立了一种用于人类个体识别的多重PCR体系，该体系包含有38个位于非编码区的常染色体InDel。目前法医学领域应用较多的InDel商品化试剂盒是QIAGEN公司的Investigator DIPplex Kit荧光标记复合扩增系统，该试剂盒包含了30个常染色体InDel位点，采用四色荧光标记技术，其优势在于能够通过一次PCR得到所有目标产物，产物通过毛细管电泳平台进行检测分型。但是由于InDel属于二等位基因，已有的报道显示30个InDel位点在国内外多个人群中的多态性表现不能完全达到司法鉴定案件中遗传标记的要求，且并非根据我国主要民族群体遗传学数据筛选得到的高多态性位点，因此一定程度上制约了该InDel试剂盒在个体识别和亲权鉴定上的应用。