[发明专利]一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法

权利要求书

1.一种基因组胞嘧啶位点表观基因型分型方法，其特征在于，包括以下步骤：

1)对待测样品父母本和子代样本进行重亚硫酸盐全基因组甲基化测序，获得父母本和子代样本基因组序列；

2)将所述父母本和子代样本基因组序列与待测样品已知的参考基因组比对，确定待测胞嘧啶位点；

3)利用SAMTOOLSV0.1.18和PICARD-TOOLSV1.96，将所述待测胞嘧啶位点的序列数据进行染色体坐标排序后进行reads去重复处理，获得校正后的序列数据，再通过GATK2-V3.2对所述校正后的序列数据中已知胞嘧啶位点上下游5～10bp的序列进行CallSNPs，区分出子代等位基因序列；

4)将所述子代等位基因序列与父母本基因组序列比对，得到胞嘧啶表观基因型分型结果；

所述步骤1)具体包括以下步骤：

1.1)用CTAB法提取待测样品父母本和子代样本基因组DNA；

1.2)对所述提取到的基因组DNA进行质量、纯度和浓度检测，筛选出合格的父母本和子代样本基因组DNA样品；

1.3)采用重亚硫酸盐法构建所述合格的父母本和子代样本基因组DNA样品测序文库；

1.4)质检筛选合格基因组DNA样品测序文库，所述合格基因组DNA样品测序文库的插入片段为320～520bp，有效浓度＞2nM；

1.5)对所述合格基因组DNA样品测序文库进行双末端Hiseq测序，获得父母本和子代样本基因组序列。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述参考基因组为待测样品本物种已测序基因组或待测样品近缘物种已测序基因组。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤1.3)构建父母本和子代样本基因组DNA样品测序文库时加入建库DNA起始量1/1000的阴性对照lambdaDNA。

4.根据权利要求1或3所述的方法，其特征在于，步骤1.3)构建测序文库包括以下步骤：

随机打断基因组DNA至200～300bp，获得DNA片段；

对所述DNA片段进行平末端修复后加尾巴A碱基，获得带尾巴A的DNA片段；

在所述带尾巴A的DNA片段上连接测序接头后进行Bisulfite处理；

将所述Bisulfite处理后的DNA片段进行PCR扩增，获得基因组DNA样品测序文库。

5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中所述染色体坐标排序为：采用picard-tools工具中的SortSam按照染色体坐标顺序从小到大排序。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中所述reads去重复处理采用picard-tools完成。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中所述CallSNPs采用UnifiedGenotyper工具完成。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤3)中所述CallSNPs后还包括：对所述CallSNPs结果进行过滤；所述过滤采用GATK工具的变异位点质量值重新校正-VQSR进行。