[发明专利]一种木质素合成途径中上位性效应检测方法

权利要求书

1.一种木质素合成途径中上位性效应检测方法，包括以下步骤：

1)根据已知木质素合成通路，选取待测样品中参与合成木质素单体的基因作为目的基因；

2)对所述目的基因进行InDel位点基因型分型，获得待测样品的基因型数据；

3)根据所述待测样品的基因型数据和待测样品的木质素含量，用epiSNP软件计算具有上位性效应的位点；

4)对所述上位性效应位点间的上位性效应的显著性进行检测验证；

所述待测样品为毛白杨；

所述目的基因为咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6，PtoCCoAOMT6和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7，Pto4CL7；

所述咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6，PtoCCoAOMT6的扩增引物包括4对，序列分别为SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2，SEQ ID NO.3和SEQ ID NO.4，SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6，以及SEQ ID NO.7和SEQ ID NO.8；

InDel1位点位于咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6上，所述InDel1位点的模板链I为：

5'-AAAAATATTTTCACCATGTATTT-NNNNNNNNNNNN-3'，所述InDel1位点的模板链II为：

5'-AAAAATATTTTCACCATGTATTTTNNNNNNNNNNNN-3'；

所述InDel1位点的PCR扩增标记引物的碱基序列为SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；

所述4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7，Pto4CL7的扩增引物包括6对，序列分别为SEQ IDNO.9和SEQ ID NO.10，SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12，SEQ ID NO.13和SEQ ID NO.14，SEQID NO.15和SEQ ID NO.16，SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18，以及SEQ ID NO.19和SEQ IDNO.20；

所述InDel2位点位于4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7上，所述InDel2位点的模板链I为:

5'-TCTTCGGTTTACAGGTGGTGTCAAAAAAAATTTT-NNNNN NNNNNNN-3'，

所述InDel2位点的模板链II为：5'-TCTTCGGTTTACAGGTGGTGTCAAAAAAAATTTTANNNNNNNNNNNN-3'；

所述InDel2位点的PCR扩增标记引物的碱基序列为SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24。

2.根据权利要求1所述的上位性效应检测方法，其特征在于，所述步骤2)包括以下步骤：

2.1)以待测样品基因组DNA为模板，以权利要求1中所述的咖啡酰-辅酶A甲基转移酶基因6，PtoCCoAOMT6的扩增引物和4-香豆酸-辅酶A连接酶基因7，Pto4CL7的扩增引物，分别进行PCR扩增，获得目的基因全长序列，将所述目的基因全长序列进行多重比对，得到InDel位点；

2.2)用权利要求1中InDel1位点和InDel2位点的PCR扩增标记引物对待测样本基因组DNA进行PCR扩增，用毛细管荧光凝胶电泳检测得到的扩增产物：若扩增产物中有两条条带，则该InDel位点的基因型为杂合型SL；若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中大的片段相同，则该InDel位点基因型为插入纯合型LL；若扩增产物中有一条条带且片段大小与杂合型SL中小的片段相同，则表示该InDel位点为缺失纯合型SS。

3.根据权利要1所述的上位性效应检测方法，其特征在于，所述步骤2)后还包括：将所述步骤2)获得的基因型数据进行筛选，筛选标准为：每个InDel标记位点有三种基因型包括SL、LL和SS，并且最小基因型频率≥5％；每两个InDel标记位点间有九种基因型组合包括SSSS、SSSL、SSLL、SLSS、SLSL、SLLL、LLSS、LLSL和LLLL。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤4)中所述检测验证采用epiSNP软件计算，计算结果P_I和P_value值均≤1.00E-05，说明上位性效应位点间的上位性效应显著。