[发明专利]一套可筛检疾病相关菌群的菌群互作网络标志物及其用途

权利要求书

1.一套菌群互作网络标志物在制备筛检疾病相关菌群装置中的应用，其特征在于：

所述的标志物由15种特殊的三角形互作网络基序组成，基序信息见表1，表1包括表1.1和表1.2，表中图例代表基序拓扑结构；根据基序的拓扑结构，15种基序被分为7大型：I～IV型由三个顶点组成，不包括特殊顶点分支；SLM、DLM和TLM型由四个顶点组成，包括特殊顶点分支；基序的每个顶点为一个由操作分类单元所代表的细菌，实心顶点代表具有特殊功能的细菌，空心顶点代表普通细菌；特殊功能细菌包括：群落中丰度最高的细菌，或群落中占主导地位的物种，或在互作网络中拥有最多边的物种；边为两个顶点细菌间的相互作用关系，特殊功能顶点分支表示特殊功能顶点与由普通顶点组成的三角形基序相连接的边；表中“+”号表示正相互作用关系，“-”表示负相互作用关系，表1.1中的“+”和“-”表示三角形基序中三条边的互作关系，表1.2中的“+”和“-”表示特殊功能顶点分支所连两个顶点间的互作关系；

表1.1 6种无特殊顶点分支的网络基序的结构信息

表1.2 9种有特殊顶点分支的网络基序的结构信息

所述的应用，针对HIV感染相关肠道菌群、与吸烟相关的口腔菌群、AD相关的皮肤菌群、肺纤维化相关的呼吸道内菌群、BV相关的阴道菌群、不孕不育相关的精液菌群，还包括如下步骤：

S1：获取特定位点的已知正常菌群样本，以及待测可能与疾病相关的菌群样本，提取DNA，扩增并测序16s rDNA，基于测序结果，利用标准生物信息分析流程获得每个菌群样本的细菌物种组成信息，即操作分类单元，其中每个操作分类单元代表一个物种，每一个样本中该操作分类单元的测序内容代表该操作分类单元在该样本内的物种丰度；

S2：以菌群细菌物种组成及各细菌物种丰度作为输入；

S3：基于细菌间的相互作用关系，分别构建正常菌群和待测菌群的互作网络；

S4：统计每个互作网络中上述15种目标标记物的数量；

S5：计算待测菌群与正常菌群剩余目标标志物的数值比值，记作RDHT；

S6：以RDHT作为筛检标准对待测菌群异常情况进行判断，判断结果作为装置输出。

2.根据权利要求1所述的一套菌群互作网络标志物在制备筛检疾病相关菌群装置中的应用，其特征在于：所述应用以任何软件和硬件形式实现其算法和功能。