[发明专利]玉米种质耐盐QTL的SNP分子标记及其应用有效

申请号：	201310062254.1	申请日：	2013-02-28
公开（公告）号：	CN103160502A	公开（公告）日：	2013-06-19
发明（设计）人：	李平;程仑;巫永春;关义新;刘依群;汪保华;关海英;谢永宏;沈琴;冯艳;江鹏;王亚峰;李金贝;吴雪玲	申请（专利权）人：	南通新禾生物技术有限公司;南通大学
主分类号：	C12N15/11	分类号：	C12N15/11;C12Q1/68
代理公司：	北京法思腾知识产权代理有限公司 11318	代理人：	高宇
地址：	226010 江苏省南通市经济技术开***	国省代码：	江苏;32
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摘要：
搜索关键词：	玉米种质 qtl snp 分子标记及其应用
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【权利要求书】：

1.玉米种质耐盐QTL的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记为：

PZE-105152264

PZE-103136828

PZE-103136798

PZE-103136863

PZE-103136868

PZE-103136870

PZE-103136872

PZE-103136874

PZE-106034024

PZE-106033899。

2.根据权利要求1所述的玉米种质耐盐QTL的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP标记的等位基因位点如下所示：

PZE-103136828 A

PZE-105152264 A

PZE-103136798 A

PZE-103136863 A

PZE-103136868 A

PZE-103136870 C

PZE-106033899 T

PZE-106034024 G

PZE-103136872 A

PZE-103136874 C

。

3.一种获得玉米种质耐盐QTL的SNP分子标记的方法，其特征在于，所述方法包括步骤：

（1）选取219个美国玉米自交系，将219种玉米自交系种植于300ml纸杯所盛营养土内，于设置为25度的温室内培养至出芽以后，每日浇250ml250mM NaCl水，记录自交系的存活时间，每个自交系设置2个重复，根据自交系的存活时间选出最耐盐的40个自交系和最不耐盐的40个自交系，对初选出的40个自交系和最不耐盐的40个自交系重复进行以上盐筛试验，取盐筛结果稳定的16个自交系认作为耐盐自交系；

（2）根据玉米全基因组重测序结果，以Illumina公司开发出的玉米Infinium50K高密度商业芯片测量盐筛中使用的219个玉米自交系的高密度指纹，用每个玉米自交系的一粒种子用Qiagen的植物DNA提取试剂盒提取DNA，之后使用Illumina公司的标准实验步骤进行DNA的杂交及芯片扫，然后用TASSEL软件（http://www.maizegenetics.net/index.php?option=com_content&task=view&id=89&Itemid=119）对测得的219个自交系的高密度指纹进行了聚类分析；

（3）玉米耐盐主效QTL的全基因组扫描（GWAS）定位，对步骤（1）所得的玉米耐盐性状结果和步骤（2）所得的基因型数据，使用TASSEL中的MLM算法进行了分析，使用最严格的LOD阈值（5.7），发现以下SNP位点与玉米耐盐有关: