[发明专利]单核苷多态性rs3888188在检测结核病易感性中的应用

说明书

技术领域

本发明涉及单核苷多态性rs3888188在检测结核病易感性中的应用。

背景技术

结核病（Tuberculosis，TB）是当今全球关注的三大传染病之一，严重威胁着民众的健康。我国结核病患者数量居世界第二位，开展结核病的遗传易感研究对消除结核病、降低死亡率、保障人民健康以及推动首都经济、卫生事业健康持续发展有重要科学价值和社会效益。

结核病主要的致病菌为结核分枝杆菌（mycobacterium tuberculosis,MTB），而结核病的发病是一个多因素综合作用的结果。结核病的发生、发展和临床结局，不仅受环境和MTB毒力的控制，而且受到宿主遗传免疫的影响。研究显示感染了MTB的个体中仅有10%最终进展为结核病，这提示宿主遗传差异在结核病的发病中起主导作用。在以病例-对照研究为基础的基因相关性分析和全基因组关联分析，都已取得了令人信服的证据，即个体对结核病易感的差异性部分是由宿主基因决定的。

目前，尚没有研究证明干扰素诱导的跨膜蛋白3（IFITM3）及其基因IFITM3与结核病易感关联。由于基因的启动子序列能够结合转录因子或调控因子，因而其对基因自身的转录、表达至关重要。启动子区域的单核苷酸多态性（SNP）可能通过改变启动子与转录因子或调控因子的结合能力影响着基因的转录活性。

发明内容

本发明的目的是提供单核苷多态性rs3888188在结核病方面的新用途。

所述新用途为检测人基因组中rs3888188多态性或基因型的物质在制备如下1）-4）中任一所述产品中的应用：

1）检测与结核病相关的单核苷酸多态性的产品；

2）检测结核病易感性或患有结核病风险的产品；

3）鉴定或辅助鉴定结核病易感基因的产品；

4）筛查结核病患者的产品。

本发明保护含有用于检测人基因组中rs3888188多态性或基因型的物质的上述1）-4）中的任一所述产品。

所述用于检测人基因组中rs3888188多态性或基因型的物质含有扩增包括rs3888188在内的人基因组DNA片段的PCR引物对。

所述PCR引物对具体可由序列表序列1所示的单链DNA和序列表序列2所示的单链DNA组成。

本发明保护检测人基因组中rs3888188、rs7478728和rs6598045多态性或基因型的物质在制备上述1）-4）中任一所述产品中的应用。

本发明还提供一种检测结核病易感性或患有结核病风险的产品，所述产品为一比对卡，所述比对卡上设置如下序列：人IFITM3基因启动子区域中包括rs3888188、rs6598045和rs7478728的任意一段DNA序列，所述DNA序列中rs3888188、rs6598045和rs7478728的碱基分别为G、T和T，或分别为C、A和A。若待测个体的在rs3888188、rs6598045和rs7478728三个位点的碱基与比对卡的相同或互补，则判定该待测个体结核病易感性或患有结核病风险增高。

本发明保护所述比对卡在制备筛查结核病产品中的应用。

在本发明的实施例中，所述结核病具体为中国北方汉族儿童结核病。

所述rs3888188为refSNP ID，是人IFITM3基因（位于染色体11p15.5）核心启动子区域转录起始位点上游103bp处或翻译起始位点ATG上游204bp处的T/G二等位多态性的SNP位点。所述rs3888188的基因型是GG、GT或TT。所述GG是rs3888188位点为G的纯合型，所述TT是rs3888188位点为T的纯合型，所述GT是rs3888188位点为T和G的杂合型。所述检测人基因组中rs3888188的多态性或基因型具体可为检测rs3888188的核苷酸种类。

所述rs6598045为refSNP ID，是人IFITM3基因（位于染色体11p15.5）核心启动子区域翻译起始位点ATG上游188bp处的C/T二等位多态性的SNP位点。

所述rs7478728为refSNP ID，是人IFITM3基因（位于染色体11p15.5）核心启动子区域翻译起始位点ATG上游181bp处的C/T二等位多态性的SNP位点。