本发明涉及一种牡丹芍药远缘杂交的亲本组合方法。它包括亲本材料的选择与杂交组合,以及在此基础上进行花粉采集贮藏与萌发检测、杂交配合及药剂处理、杂种萌发催芽与幼苗管理的配套技术。其在亲本的选择措施中,所选亲本可以为芍药(Paeonialactiflora)实生苗1#群体、远缘杂交牡丹(P.delavayi var.lutea×P.suffruticasa)品种“金帝”(“L”Espérance’)、‘金阁’(‘Souvenir de Maxime Cornu’)、“正午’(‘High Noon’)和‘Golden Era’,紫斑牡丹(P.rockii)品种‘书生捧墨’和紫牡丹(P.delavayi所选母本可以为芍药实生苗1#群体和远缘杂交牡丹‘正午’,杂交组合方式可以为:芍药实生苗1#群体(♀)X‘金帝’(♂);芍药实生苗1#群体(♀)X‘金阁’(♂);芍药实生苗1#群体(♀)X‘正午’(♂);通过上述亲本组合杂交,得到了419粒杂交种子和10株远缘杂种苗,实现了我国在牡丹芍药远缘杂交领域零的突破。