本发明公开了一种鉴定玉祁红芹的ISSR‑SCAR标记及其鉴定方法,通过对玉祁红芹和其它水芹品种进行总DNA提取、PCR扩增、引物筛选和ISSR‑SCAR检测,筛选到鉴定玉祁红芹的ISSR‑SCAR分子标记SEQ ID NO:1所示引物可以在玉祁红芹样品中扩增得到SEQ ID NO:2所示片段,根据此片段设计SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的引物,成功进行玉祁红芹的品种鉴别。本发明操作简便、稳定可靠,首次应用于玉祁红芹品种的分子鉴定,可用于该品种的选种、育种、种植、采收和品种贸易等各环节的快速鉴定,同时对保护地理标志产品的种质资源具有重要的意义。