本发明提供一种RNA病毒的靶点序列,其为RNA病毒基因序列中含20~40个碱基、且与人类基因组序列或相关家畜家禽等物种相似性不低于95%的核酸序列片段;上述RNA病毒的靶点序列选自SEQ ID NO.1本发明还涉及构建上述靶点序列的引物组合物、与上述靶点序列相关的反义RNA等生物材料以及缺失该靶点序列的疫苗设计等相关应用。本发明构建的上述序列的病毒片段具有与人基因组DNA相互作用的功能,且其类似病毒miRNA,同时验证了过表达RNA病毒靶点序列对周围基因表达水平的影响,并提出上述靶点片段是RNA病毒的重要致病物质的全新概念上述靶点序列对RNA病毒的检测及诊断、药物筛选,进而开展RNA病毒引发的病症的治疗以及设计/优化疫苗方法均具有重要应用价值。