本发明公开了一种嗜热酯酶AFEST突变体,该嗜热酯酶AFEST突变体的氨基酸序列与野生型嗜热酯酶AFEST的氨基酸序列SEQ ID NO.2有1‑5个氨基酸残基的不同;所述不同包括氨基酸的替换、缺失或者插入本发明还保护一种编码该嗜热酯酶AFEST突变体的基因,包含该基因的重组载体,以及包含该基因的工程菌。本发明还公开了该嗜热酯酶AFEST突变体的筛选方法,和在水解短链羧酸酯底物中的应用。本发明的嗜热酯酶AFEST突变体对对硝基苯酚丁酸酯的水解活性提高了4倍以上,且保持了与野生型嗜热酯酶AFEST相当的热稳定性。