本发明提供了应用自动化测试技术领域的一种基于双层架构的web应用自动化测试方法及系统,方法包括如下步骤:步骤S10、在内层的远程桌面的虚拟机中运行一自动化测试程序以及若干个待测试的桌面应用程序;步骤S20、通过外层的Se l en i um登录所述远程桌面;步骤S30、Se l en i um调用虚拟机中的所述自动化测试程序,通过所述自动化测试程序对桌面应用程序进行自动化测试,生成测试结果发送给Se l en i um;步骤S40、Se l en i um基于所述测试结果继续执行桌面应用程序的自动化测试,或者结束所述远程桌面的会话。本发明的优点在于:极大的提升了web远程桌面应用自动化测试的准确性、便捷性以及通用性。