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[发明专利]转录组序列分类方法、装置、电子设备及可读存储介质-CN202210074550.2在审
发明人：朱怀球;李墨;尹衡闯 -专利权人：北京大学
申请日： 2022-01-21 - 公布日： 2022-05-13 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明实施例提供了一种转录组序列分类方法、装置、电子设备及计算机可读存储介质，本发明实施例中，转录组序列分类预测模型预先学习了多个已知类别的微生物的转录组序列的碱基序列、密码子序列和氨基酸序列，从而，本发明实施例采用的转录组序列分类预测模型，可以结合待分类转录组序列的碱基序列、密码子序列和氨基酸序列，准确地预测该待分类转录组序列所属的微生物类别。本发明实施例中，通过对转录组序列进行比对和预测，可以确定转录组序列所属的微生物类别。从而可以从虫媒介宏转录组中发现更多的未知的RNA病毒(主要的人类病毒)，以作为疾病的检测、防控，以及新病毒或其他病原体的研究的基础。
转录序列分类方法装置电子设备可读存储介质

[发明专利]基于转录组双端测序数据组装基因组序列的方法和装置-CN201610349039.3有效
发明人：李炯棠;朱柏翰;肖军;孙明媛;徐桂彩 -专利权人：中国水产科学研究院
申请日： 2016-05-24 - 公布日： 2018-09-18 - 主分类号： G06F19/20 文献下载
摘要：本发明提供一种基于转录组双端测序数据组装基因组序列的方法，所述方法包括将转录组双端测序序列比对到基因组上，保留双端测序序列分别仅能比对唯一的不同基因组序列以及基于最多转录组双端测序序列连接证据的基因组序列拼接筛选、形成新的基因组序列等步骤。利用本发明方法，通过将转录组双端测序序列比对到基因组上，获得基于最多双端测序比对结果的连接证据，从而进行基因组序列的拼接组装，以提升基因组的完整性。转录组双端测序数据既可以是公共数据库中该物种的转录组双端测序序列，也可以是实验产生的转录组双端测序数据。
基于转录组双端测序数组装基因组序列方法装置

[发明专利]一种三代全长转录组中可变剪切体的检测方法-CN201510970066.8有效
发明人：刘红芳 -专利权人：武汉菲沙基因信息有限公司
申请日： 2015-12-22 - 公布日： 2018-06-29 - 主分类号： G06F19/22 文献下载
摘要：本发明公开了一种三代全长转录组中可变剪切体的检测方法，包括对原始环状测试序列进行去接头合并，形成单分子转录本序列，并筛选出三代全长转录本序列；将三代全长转录本序列对比至参考基因组序列，筛选出与参考基因组序列的覆盖率和相似度均大于预设阈值的三代全长转录本序列；对筛选出的三代全长转录本序列进行剪切假阳性过滤以及DNA污染过滤；对过滤后的三代全长转录本序列进行基因注释以及可变剪切体注释。本发明中提及的三代测序技术所具有的超长读长足以覆盖绝大多数RNA，采用SMRT测序转录组不需组装就能够得到全长转录本序列，利用三代转录组测序能有效获取基因的剪切结构并且能够构建更加完善的基因模型注释。
转录本转录组可变剪切过滤参考基因组序列筛选测序测试序列测序技术基因模型基因注释剪切结构序列对比有效获取剪切单分子假阳性相似度检测构建预设组装覆盖率合并基因覆盖

[发明专利]一种鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法-CN202211456038.0有效
发明人：李午佼;孟青;朱纯青;陈运生 -专利权人：深圳市儿童医院
申请日： 2022-11-21 - 公布日： 2023-08-08 - 主分类号： G16B50/10 文献下载
摘要：本发明提供了鉴定SL序列反式剪切所形成的基因编码框的方法，包括：获得基因组所有转录本和已知编码框序列；获取基因组比对文件；基于转录组测序数据，根据比对文件筛选局部比对序列，提取未成功比对上的部分序列；对未成功比对上的序列与指定的SL序列进行比较，若所提取的序列为指定SL序列的末端至少8个碱基序列，确定该序列为SL剪切位点产生的序列；根据比对文件中记录的位置信息推算SL序列的剪切位点，将剪切位点转换成转录组坐标；根据转录组坐标和转录本得到完整的mRNA序列；根据完整的mRNA序列，利用核糖体印迹测序数据，获得完整的mRNA对应的编码框。本发明解决了现有技术中SL序列的添加引入新的翻译起始位点，使原始基因组注释信息失效的问题。
一种鉴定 sl 序列反式剪切形成基因编码方法

[发明专利]一种基于ONT全长转录组测序数据的denovo分析方法-CN202110446784.0在审
发明人：马玉昆;李伟华;陈晨;张晓伟;孙琼琳;李峰峰;杨宇鹏 -专利权人：北京果壳生物科技有限公司
申请日： 2021-04-25 - 公布日： 2021-10-19 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于ONT全长转录组测序数据的denovo分析方法。该方法包括：对ONT全长转录组测序原始数据进行质控；提取全长序列；对全长序列进行聚类；通过聚类结果获得一致性转录本序列；进行下游分析。本发明利用ONT全长转录组测序的长读长优势，与二代转录组denovo分析相比，没有序列组装带来的错误，序列结构的准确性更高，与同为全长测序策略的Pacific Biosciences公司的IsoformSequencing相比较，存在能够定量的优势，常规测序数据量下，能对样本的大部分表达转录本进行定量，这种无需参考序列的denovo分析方式为没有参考基因组的物种研究提供了可能，完整的全长转录本信息也为后续研究该物种的功能或性质提供便利
一种基于 ont 全长转录序数 denovo 分析方法

[发明专利]用于快速转录组表达定量的数据处理方法、装置及存储介质-CN202011009255.6在审
发明人：易会广 -专利权人：易会广
申请日： 2020-09-23 - 公布日： 2020-12-29 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：一种用于快速转录组表达定量的数据处理方法、装置及存储介质，应用于数据处理领域。该方法包括：获取参考转录组序列，将参考转录组序列分解为预设长度的第一子序列，并根据该第一子序列构建参考矩阵；获取转录组的测序数据，将测序数据分解为该预设长度的第二子序列，并根据该第二子序列构建目标向量；利用该参考矩阵、该目标向量以及预设的线性方程组，得到该转录组的表达量并输出。该方法不仅可应用于以短读长、高通量为特点的测序数据，还可应用于以长读长为特点的测序数据，并具有转录组表达定量速度快、准确度高的优点。
用于快速转录表达定量数据处理方法装置存储介质

[发明专利]一种过滤转录组测序数据中rRNA序列的方法和装置-CN202211117600.7在审
发明人：郭欣;郎秋蕾;方超 -专利权人：杭州联川基因诊断技术有限公司
申请日： 2022-09-14 - 公布日： 2022-11-25 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种建立物种rRNA序列数据库的方法，属于转录组测序数据处理技术领域，包括以下步骤：获得物种的第一转录组测序数据及参考基因组数据；将转录组数据与参考基因组数据进行比对，获得未比对序列，选取未对比序列的前M条，与NCBI数据库进行比对，其中M＝8000～20000；获得比对上的rRNA序列，建立rRNA序列数据库。进一步，本发明还公开了基于建立的rRNA序列数据库过滤转录组测序数据中rRNA序列的方法和装置，能够针对性地过滤rRNA序列，快速、准确地获得纯净的mRNA数据，进行后续分析。
一种过滤转录序数 rrna 序列方法装置

[发明专利]一种真核生物泛转录组注释方法-CN202111671919.X在审
发明人：李志刚;缪卫国;纪晓贝 -专利权人：海南大学
申请日： 2021-12-31 - 公布日： 2022-04-19 - 主分类号： G16B20/00 文献下载
摘要：本发明提供一种真核生物泛转录组注释方法，包括以下步骤：将3个以上不同来源的真核物种样品转录组数据比对到参考基因组上，获得相应的基因结构注释信息，整合，得到依赖参考基因组的转录组注释结果；将样品转录组数据进行拼接组装，获得相应的成熟转录本序列信息，将成熟转录本序列信息比对参考基因组，获得相应的基因结构信息，得到不依赖参考基因组的转录组注释结果；整合结构转录本注释信息，过滤无法比对参考基因组的转录本，得新的转录本注释信息；整合样品高通量转录组数据，可获得目标真核物种的泛转录组注释信息。本发明可获得真核生物更加完整的转录组注释结构，采用不同策略相互辅证，极大地提高了注释准确率。
一种生物转录注释方法

[发明专利]基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法-CN201410205571.9有效
发明人：周茜;宁康;苏晓泉;徐健 -专利权人：中国科学院青岛生物能源与过程研究所
申请日： 2014-05-15 - 公布日： 2018-08-14 - 主分类号： G06F19/18 文献下载
摘要：本发明是一种基于多核CPU硬件的高通量转录组测序数据质量控制方法。包括：利用多核CPU对高通量转录组测序数据进行并行处理，得到去除低测序质量序列的数据；利用多核CPU对去除低测序质量序列的数据中的rRNA序列进行预测和去除，并进行污染序列的定性鉴定；对序列比对结果进行统计和评价本发明基于多核CPU计算机，克服了基于单核CPU硬件计算机的计算效率瓶颈，可以使高通量转录组数据质量控制效率提高7倍以上；本发明的应用将会显著提高高通量转录组数据质量控制的准确度和速度，广泛有助于转录组测序相关研究的迅速发展
基于多核 cpu 硬件通量转录序数质量控制方法

[发明专利]一种非模式生物转录组基因序列结构分析的方法-CN201610519754.7有效
发明人：肖世俊;韩兆方;王志勇 -专利权人：集美大学
申请日： 2016-07-05 - 公布日： 2019-01-25 - 主分类号： G16B30/00 文献下载
摘要：本发明公开了一种非模式生物转录组基因序列结构分析的方法，包括以下步骤：（1）得到最优比对结果；（2）确定有蛋白编码模式，确定翻译终止位置；（3）确定基因序列的编码起始位置；（4）利用基因模型进行分类；（5）使用转录组序列中确定编码方式的核酸序列，使用马尔科夫链训练编码蛋白的核酸序列模型；（6）确定未比对基因的蛋白编码序列的编码方式。本发明对任何非模式生物的转录组测序获得的大量的基因序列进行高通量结构分析，分析过程自动完成了转录组序列的功能注释；并且利用基于比对的高度可靠的蛋白编码核酸序列构建了马尔科夫模型和支持向量机模型，对未比对基因序列进行分析，使得序列结构分析的可信度更高。
一种模式生物转录基因序列结构分析方法

[发明专利]一种转录组测序方法-CN201310690135.0在审
发明人：黄岩谊;汤富酬;范小英;张先念 -专利权人：北京大学
申请日： 2013-12-17 - 公布日： 2015-06-17 - 主分类号： C12Q1/68 文献下载
摘要：本申请提供一种转录组测序方法，在RNA到cDNA的逆转录过程中所使用的引物包含随机序列和特定序列，随机序列位于特定序列的3’端，二者之间有0-5个碱基，随机序列由4-12个随机碱基组成，特定序列为5-30个碱基的同聚体，特定序列的碱基选自A、G、C、T中任意一个。通过对逆转录引物的设计，本发明既能对带有poly(A)尾的RNA进行测序，又能对不带poly(A)尾的RNA进行测序，进行细胞转录组测序时无需rRNA去除步骤，尤其适用于低起始核糖核酸量和细胞数量的转录组的测序
一种转录组测序方法

[发明专利]腺相关病毒载体生产细胞系-CN201980068126.3在审
发明人： S·A·查纳斯;C·文克 -专利权人：葛兰素史克知识产权开发有限公司
申请日： 2019-10-15 - 公布日： 2021-06-04 - 主分类号： C12N15/86 文献下载
摘要：本发明涉及腺相关病毒(AAV)载体生产细胞，其包含编码以下的核酸序列：AAV rep和cap基因，辅助病毒基因，和所述AAV载体的DNA基因组；所述AAV rep基因包含内含子，所述内含子包含转录终止序列，所述转录终止序列具有位于所述转录终止序列上游的第一重组位点和位于所述转录终止序列下游的第二重组位点；且所述核酸序列全部一起整合在所述AAV载体生产细胞基因组内的单一基因座处。
相关病毒载体生产细胞系

[发明专利]多倍体转录组亚基因组分型方法及计算机可读存储介质-CN202310605118.6在审
发明人：黄子妍;邓操;郝兆楠 -专利权人：成都基因汇科技有限公司
申请日： 2023-05-26 - 公布日： 2023-09-19 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明涉及多倍体转录组亚基因组分型方法及计算机可读存储介质，涉及基因组学领域，包括如下步骤：(1)获取参考物种外群基因序列和待测样本转录组序列，将序列翻译成蛋白序列，进行比对，得到比对结果；(2)设定筛选条件本发明通过将待测样本转录组序列的CDS序列或者转录本序列比对到参考物种外群基因，来对多倍体转录本进行同源基因簇的划分。
多倍体转录基因组分方法计算机可读存储介质

[发明专利]基于PacBio全长转录组测序数据的质控方法-CN201811641409.6有效
发明人：郑洪坤;许国路;杨春鹤;张雪川 -专利权人：北京百迈客生物科技有限公司
申请日： 2018-12-29 - 公布日： 2022-03-18 - 主分类号： G16B20/30 文献下载
摘要：本发明提供了基于PacBio全长转录组测序数据的质控方法，包括步骤：1)利用IsoSeq分析流程从原始PacBio全长转录组测序数据得到高质量和低质量的一致性全长序列；2)基于Illumina测序数据对低质量一致性全长序列进行校正，过滤仍达不到高质量标准的序列；3)合并高质量和校正后符合条件的低质量一致性全长序列，按照以下标准进行过滤：去除由序列嵌合产生的过长序列；去除自身比对结果中存在回文序列的一致性全长序列；去除能被其他一致性全长序列比对到多个位置的序列通过多个标准过滤一致性全长序列中可能存在的嵌合序列，降低最终转录组中的假阳性结果比例，提高后续转录组相关分析结果的准确性。
基于 pacbio 全长转录序数方法

[发明专利]一种基于Spark Streaming的转录因子结合位点识别发现方法及装置-CN202011230684.6在审
发明人：李安亚 -专利权人：西安奥卡云数据科技有限公司
申请日： 2020-11-06 - 公布日： 2021-02-09 - 主分类号： G16B30/10 文献下载
摘要：本发明公开了一种基于Spark Streaming的转录因子结合位点识别发现方法和装置，根据转录因子结合位点的长度在转录因子中提取第一基因片段，根据每个第一基因片段确定其对应的候选基因片段集；将基因序列群分割为多个比较组；将每个第二基因片段与每个单位基因序列同时进行比较，当每个单位基因序列均具有第三基因片段时，根据第二基因片段确定转录因子的预测结合位点；遍历候选基因片段集，生成转录因子的结合位点集；本发明通过将基因序列群分为多个比较组，且结合Spark Streaming理论，同时将每个比较组中的每个单位基因序列与根据转录因子确定的第二基因片段进行比较，可以有效地提升整个方法的执行效率，减少转录因子结合位点识别过程中所消耗的时间。
一种基于 spark streaming 转录因子结合识别发现方法装置

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