本发明提出了中风标志微生物及其应用,该中风标志微生物包括第一微生物集,因此,进一步提出了一种试剂盒,包括适于检测第一微生物集中的至少一种菌种的试剂,所述第一微生物集由以下菌种组成:拟杆菌属(Bacteroides)、梭状芽胞杆菌属(Clostridium sensu stricto)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)、柔嫩梭菌属(Faecalibacterium)、普氏菌属(Prevotella)、Paraprevotella菌属、Gemmiger菌属、Fusicatenibacter菌属、Dorea菌属、Coprococcus菌属和Butyricicoccus菌属。本发明提出的标志微生物在健康人群和中风患者中的丰度具有显著差异,可以作为检测和/或治疗中风的标志物。