本发明公开了一种极耐热木聚糖酶基因、极耐热木聚糖酶及其应用,所述极耐热木聚糖酶基因其序列如SEQ ID NO.1所示;所述极耐热木聚糖酶其氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示。本发明提供的一种全新的极耐热木聚糖酶基因,该经过改造的基因编码的极耐热木聚糖酶具有极强的耐热性能和酸性pH条件下高活性的特性,在95℃、pH为5.5的条件下酶活性最高,比酶活达到151μmol/mgmin,同时耐热性能有明显提高,由80℃提高到了95℃。本发明得到的极耐热木聚糖酶比现有木聚糖酶具有更大的优越性,在食品生产、饲料发酵、以及造纸等工业中能够发挥其良好的耐热耐酸性能,提高物料利用率、减少对环境的污染。