[发明专利]一种BWT查表性能改进方法、装置、设备和介质有效
| 申请号： | 202010094129.9 | 申请日： | 2020-02-15 |
| 公开（公告）号： | CN111312333B | 公开（公告）日： | 2022-06-21 |
| 发明（设计）人： | 史宏志;赵健;崔星辰 | 申请（专利权）人： | 苏州浪潮智能科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B20/30 | 分类号： | G16B20/30;G06F16/22 |
| 代理公司： | 北京连和连知识产权代理有限公司 11278 | 代理人： | 刘小峰 |
| 地址： | 215100 江苏省苏州市吴*** | 国省代码： | 江苏;32 |
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| 摘要： | 本发明提供一种BWT查表性能改进方法、装置、设备和介质，方法包括：将参考基因序列从初始位置开始每隔1个碱基对重复执行按照预设的最小完全匹配长度阈值进行切分成短序列的操作；依次读取切分的短序列，并调用BWT查表过程对读取的短序列进行查询以获取对应的上下边界，将该上下边界与相应的短序列的对应关系填入映射关系表中；输入并读取测试基因序列，获取从当前读取位置开始的长度为最小完全匹配长度阈值的短序列，以将获取的短序列与映射关系表进行比对以获取对应的上下边界；响应于对比成功而获取对应的上下边界，继续对测试基因序列的短序列后的所有碱基执行BWT查表过程。本发明通过一次查表替换T次查询BWT索引表迭代过程，达到性能优化目的。 | ||
| 搜索关键词： | 一种 bwt 性能 改进 方法 装置 设备 介质 | ||
【主权项】：
暂无信息
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