[发明专利]棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用

摘要

本发明公开了一种棉花多目标性状相关单体型筛选方法及应用，包括以下步骤：(1)从田间取得的若干个陆地棉材料的嫩绿叶片提取其总DNA；(2)将上述DNA与illumina棉花SNP芯片进行芯片杂交；(3)获得所述陆地棉材料的SNP标记基因型及其基因组位置，获得陆地棉基因组26条染色体的连锁不平衡衰退距离；(4)获得陆地棉基因组的单体型草图及其标签标记信息；(5)获得与棉花不同目标性状表型显著关联的SNP标记；最终获得与棉花多个不同性状相关的单体型。并将其用于棉花产量、品质、熟性及抗病性的协同改良。本发明对于创制高产优质多抗的棉花育种新材料，培育高产、优质、多抗的棉花新品种具有重要的意义。

主权项

1.一种棉花多目标性状相关单体型筛选方法，其特征在于，包括以下步骤：/n(1)从田间取得的若干个陆地棉材料的嫩绿叶片提取其总DNA；/n(2)将上述DNA与illumina棉花SNP芯片进行芯片杂交；/n(3)根据芯片杂交结果，筛选MAF>0.05，CallFreq>0.9，并且不全为杂合的SNP位点，将这些SNP位点比对陆地棉TM-1基因组，筛选比对结果中E值小于10^-18的SNP，获得所述陆地棉材料的SNP标记基因型及其基因组位置；/n然后利用TASSEL软件获得SNP标记的连锁不平衡数据，利用非线性回归模型制作棉花26条染色的连锁不平衡衰退曲线，并计算出每条染色体的连锁不平衡LD衰退距离；/n然后利用Haploview软件进行棉花26条染色体的单体型绘制，获得陆地棉基因组的单体型草图及其标签标记信息；/n(4)获得所述陆地棉材料的目标性状表型数据，利用TASSEL软件进行基因型与表型的关联分析，获得与多个目标性状表型显著关联的SNP标记；/n根据标记的物理位置信息将上述标记影射到单体型中，如果与表型显著关联SNP标记位于该单体型的物理位置区间内或者与标签SNP标记的物理位置重叠，则确定该单体型为与该表型相关的单体型；/n(5)最终获得与棉花多个不同性状相关的单体型。/n