[发明专利]一种单细胞ATAC-seq数据分析方法在审
| 申请号： | 201910768671.5 | 申请日： | 2019-08-20 |
| 公开（公告）号： | CN110544509A | 公开（公告）日： | 2019-12-06 |
| 发明（设计）人： | 夏昊强;高川;周煌凯;张羽;陶勇;罗玥;陈飞钦;曾川川 | 申请（专利权）人： | 广州基迪奥生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B30/00 | 分类号： | G16B30/00 |
| 代理公司： | 44202 广州三环专利商标代理有限公司 | 代理人： | 颜希文;宋静娜<国际申请>=<国际公布> |
| 地址： | 510000 广东省广州市广州国*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明提供一种单细胞ATAC‑seq数据分析方法，包括以下步骤：步骤S1,对测序原始数据进行数据分析与质控；步骤S2,比对分析；步骤S3,插入片段分析；步骤S4,富集区域Peak分析；步骤S5,单细胞亚群分类；步骤S6,对Peak相关基因进行注释和富集；步骤S7,TF‑motif分析；步骤S8,亚群可及性差异分析；步骤S9,差异可及性位点相关基因分析，对鉴定出的差异TF‑motif所在peak区域最邻近的转录起始位点所对应的基因注释等步骤。本发明构建了一个全面、分析内容丰富的单细胞ATAC‑seq数据分析流程，分析结果揭示了大量的生物信息，方便人们深入挖掘蕴藏在单细胞水平内的生物学现象和特征，分析流程及结果以html的形式进行可视化展示，分析内容层次明了，结果展现形式多样，增加了报告的可读性。 | ||
| 搜索关键词： | 分析内容 数据分析 相关基因 富集 亚群 分析 数据分析流程 转录起始位点 单细胞水平 生物学现象 比对分析 插入片段 差异分析 分析流程 基因注释 结果展现 生物信息 原始数据 可视化 测序 构建 位点 质控 可读性 邻近 挖掘 分类 展示 | ||
【主权项】：
1.一种单细胞ATAC-seq数据分析方法，其特征在于，包括以下步骤：/nS1.对测序原始数据进行数据分析与质控，得到高质量的数据进行后续分析；/nS2.比对分析，将修剪后的reads比对到参考基因组，分析确定唯一比对且MAPQ>30的reads数量，并去除比对到线粒体上的reads，将过滤后的reads用于后续分析；/nS3.插入片段分析，利用两端reads的比对信息可以计算出各样品的文库插入片段长度，从而绘制出插入片段分布图；/nS4.Peak分析，主要包括样本有效细胞信息结果统计、Peak区域片段分布统计及最终peak-barcode矩阵分析；/nS5.单细胞亚群分类，对数据进行LSA降维处理，然后进行k-medoids聚类，最后将转换后的矩阵利用t-SNE进行可视化；/nS6.对Peak相关基因进行注释和富集；/nS7.TF-motif分析主要包括TF-motif鉴定和TF-motif显著程度分析；/nS8：亚群可及性差异分析通过差异TF-motif统计，差异TF-motif聚类以及差异TF-motif在各亚群之间的分布，获得各个差异TF motif在各细胞亚群中的富集分布；/nS9：差异可及性位点相关基因分析，对鉴定出的差异TF-motif所在peak区域最邻近的转录起始位点所对应的基因注释。/n
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