[发明专利]多肽疫苗序列的设计方法及其自动化设计产品

摘要

本发明公开了一种多肽疫苗序列的设计方法及其自动化设计产品，设计方法，包括如下内容：一，组合疫苗肽序列，从肿瘤患者样本的测序结果中筛选可信体细胞突变位点，排序及组合可递呈肽段；二，调整优化疫苗肽序列；使用本方法或产品可以设计含有多个T细胞表位序列的多肽疫苗，能将新生抗原包含的可递呈表位设计成易于合成的疫苗多肽序列，提高多肽合成率。

主权项

1.多肽疫苗序列的设计方法，其特征在于，包括如下内容：一，组合疫苗肽序列；a，根据全外显子与转录组测序数据分析得到体细胞突变位点，找到由这些突变产生的异常短多肽，根据短多肽的起始终止位置关系及组合方式设计成若干条长多肽，然后根据下游化学合成的需要进行调整，添加注释信息并整理成图表；所述异常短多肽为改变了序列的野生型多肽；b，根据位点的突变类型，罗列出所有长度为8至16，且因该突变而改变了氨基酸序列的可递呈肽段，即新生抗原，其中8至11长度的肽段对应HLA I型分子，12至16长度的肽段对应HLA II型分子；c，将得到的可递呈肽段组合成疫苗肽段；二，调整优化疫苗肽序列；a，计算疫苗肽序列的理化指标，若理化指标符合要求，则保留这条长多肽；b，若理化指标不符合要求，则对长多肽经过如下调整：首先考虑在长多肽N端逐个添加赖氨酸；若仍然无法得到符合要求的疫苗序列，则对这条肽段进行丢弃氨基酸的处理；丢弃氨基酸的处理的方法为：从N端、C端、NC两端这三种起始删除位置，逐个删除氨基酸或替换为K，直至肽段符合要求；若删除氨基酸导致破坏多个表位的情况，则拆分这条长多肽，即在长多肽内部进行重设计，将一条长多肽一分为二，如果仍然不符合要求，则在拆分后的多肽一端添加若干个赖氨酸；最后统计这三种起始删除位置破坏的表位数量，取破坏表位数量最少的方案备用；c，对设计得到的肽段，进行同源性和毒性分析，以及与现有药物肽和活性肽数据库进行比较，排除同源性过高而有可能引起自身免疫反应的抗原，确定合成多肽不会引起患者自身免疫反应。