[发明专利]一种基于miRNA靶基因预测以及相关表达分析进行ceRNA预测的方法

摘要

本发明公开了一种基于miRNA靶基因预测以及相关表达分析进行ceRNA预测的方法，其特征在于，包括如下步骤:ceRNA作用对的相关性分析；根据共有MERs数量进行潜在ceRNA关系对筛选；根据miRNA与ceRNA作用对三者之间的表达相关性，采用两种打分方式来评价miRNA对一对竞争的lncRNA‑mRNA的调控功能；获取统计检验显著的结果，并将结果按照打分进行排序。本发明的有益效果在于：对ceRNA进行初步分析后，根据实际测序结果进分析基因间表达相关性，对结果进行筛选。对动物和植物采用不同的靶基因预测方法，从而都可以进行ceRNA预测分析。整合常用数据库中信息，增加分析结果的可靠性。

主权项

1.一种基于miRNA靶基因预测以及表达相关性分析进行ceRNA预测的方法，其特征在于，包括如下步骤:ceRNA作用对的相关性分析：筛选于与lncRNA的皮尔逊相关系数高于0.7的RNA关系对；根据共有MERs数量进行潜在ceRNA关系对筛选：具有ceRNA关系的RNA对之间共有的miRNA数量符合负二项分布，进行超几何检验，筛选pvalue值小于0.05的显著性结果；根据miRNA与ceRNA作用对三者之间的表达相关性，采用两种打分方式来评价miRNA对一对竞争的lncRNA‑mRNA的调控功能：i)调控相似性打分，miRNA与一对ceRNA两者之间的表达相关性(相关性范围在‑1～1，绝对值大于0.7为相关，绝对值越大相关性越高)之间的相似性越高，结果越可靠；ii)敏感相关性打分，一对ceRNA之间的表达相关性与miRNA的介入的关联越高，结果越可靠，该分值大于0.3是，结果显著，分值越高越可靠；获取统计检验显著的结果，并将结果按照打分进行排序。