[发明专利]一种流感病毒抗原变化的预测方法

摘要

本发明属于生物信息学领域，公开了一种流感病毒抗原变化的预测方法。该方法首先针对流感病毒以及流感病毒抗原变化分析的特点，对流感病毒序列对进行编码，其次用深度神经网络在流感病毒对上自动提取抗原性变化的主要特征，然后基于提取的特征对流感病毒对进行抗原变化预测。

主权项

1.一种流感病毒抗原变化的预测方法，该方法的特征在于包括：S1：流感病毒编码；对流感病毒序列集合P={P₁,P₂,P₃,…, P_l}中任意两条不同流感病毒(P_i,P_j)进行对比建模，得到对比编码，m是流感病毒序列的氨基酸数量；最后可以得到条对比序列：其中，第k位的对比编码由氨基酸对的抗原变化编码和氨基酸特征编码组成；S2：搭建深度神经网络的流感病毒抗原变化预测模型；预测模型包括输入层、CNN层、门控RNN层和输出层；其中，输入层依次输入训练样本集中两两流感病毒对比序列C以及抗原变化标签Y；CNN层将输入序列C，经过卷积操作、池化操作转换为序列X；门控RNN层将序列X转换为序列H；输出层将序列H，抗原变化的预测函数,转换为抗原变化预测序列；S3：定义目标函数，用训练集训练模型，得到参数θ*；S4：对深度神经网络的流感病毒抗原变化预测模型，以及模型参数θ^*，将两条不同流感病毒(P_i,P_j)的对比特征编码x输入模型，使用标签作为(P_i,P_j)的抗原变化预测。