[发明专利]比对方法、装置及系统有效
| 申请号： | 201710652379.8 | 申请日： | 2017-08-02 |
| 公开（公告）号： | CN107403075B | 公开（公告）日： | 2021-04-27 |
| 发明（设计）人： | 徐伟彬;金欢;颜钦;姜泽飞;周志良 | 申请（专利权）人： | 深圳市真迈生物科技有限公司 |
| 主分类号： | G16B25/00 | 分类号： | G16B25/00;G16B40/00 |
| 代理公司： | 暂无信息 | 代理人： | 暂无信息 |
| 地址： | 518000 广东省深圳市罗湖区清水*** | 国省代码： | 广东;44 |
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| 摘要： | 本发明公开了一种比对方法、装置及系统，比对方法包括：将每条读段转化成与该读段对应的一组短片段，获得多组短片段；确定短片段在参考库的对应位置，以获得第一定位结果，所称的参考库为基于参考序列构建的哈希表，参考库包含多个条目，参考库的一个条目对应一条种子序列，种子序列能够与参考序列上的至少一段序列匹配，参考库的相邻两个条目对应的两条种子序列在参考序列上的距离小于短片段的长度；去除第一定位结果中定位到参考库相邻条目中的任一条目上的短片段，获得第二定位结果；基于第二定位结果中来自相同读段的短片段的公共部分进行延伸，以获得读段的比对结果。该比对方法能够对测序数据进行高效准确的处理及定位。 | ||
| 搜索关键词： | 方法 装置 系统 | ||
【主权项】：
一种比对方法，其特征在于，包括：将每条读段转化成与该读段对应的一组短片段，获得多组短片段；确定所述短片段在参考库的对应位置，以获得第一定位结果，所述参考库为基于参考序列构建的哈希表，所述参考库包含多个条目，所述参考库的一个条目对应一条种子序列，所述种子序列能够与所述参考序列上的至少一段序列匹配，所述参考库的相邻两个条目对应的两条种子序列在所述参考序列上的距离小于所述短片段的长度；去除所述第一定位结果中定位到所述参考库相邻条目中的任一条目上的短片段，获得第二定位结果；基于所述第二定位结果中来自相同读段的短片段进行延伸，以获得所述读段的比对结果。
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